检测OPN1LW基因突变的引物组合、试剂盒及方法与流程
未命名
08-26
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检测opn1lw基因突变的引物组合、试剂盒及方法
技术领域
1.本技术涉及分子生物学技术领域,特别是涉及一种检测opn1lw基因突变的引物组合、试剂盒及方法。
背景技术:
2.人类的正常色觉是三色的,基于3类锥体,它们对大约420nm处的光最敏感(蓝色锥体;613522),530nm(绿色锥体;300821)和560nm(红色锥体;300822).通过比较3类锥体光感受器对光吸收的神经回路,可以分别或以各种组合感知红、黄、绿和蓝的颜色。二色性色觉是一种严重缺陷的色觉,它只使用两种光感受器:蓝加绿(protanopia)或蓝加红(deuteranopia);见303800)。异常三色性是一种基于蓝、绿和异常类红感光细胞(protanomality)或蓝、红和异常类绿感光细胞(deuteranomality)的三色视觉。色觉缺陷通常是轻微的,但在某些情况下可能是严重的。红-绿色觉的共同变异存在于正常人和色觉缺陷者之间(deeb,2005年综述)。
3.opn1lw基因长达3.1gb,根据omim记载,opn1lw基因突变可导致红色盲/红色弱(colorblindness,protan,mim:303900)和蓝锥细胞单色视(blue cone monochromacy,mim:303700)。opn1lw基因突变导致的红色盲呈x连锁遗传,主要表现为红色色觉缺陷,不能辨别红色,对红色与深绿色、蓝色与紫红色以及紫色不能分辨,常把绿色视为黄色,紫色看成蓝色,将绿色和蓝色相混为白色。opn1lw基因突变导致的蓝锥细胞单色视(bcm)呈常染色体隐性遗传,其特征在于视网膜中不存在功能性长波长敏感锥和中波长敏感锥,主要表现为出生时严重的颜色辨别力损害,视力下降,摆动性眼球震颤和畏光等。
4.opn1lw基因突变导致的红色盲/红色弱和蓝锥细胞单色视尚无有效的治疗方法,对女性携带者进行产期诊断或胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,pgt),是预防红色盲/红色弱和蓝锥细胞单色视出生缺陷的有效手段。pgt是指当胚胎在体外发育至卵裂期或囊胚期时,活检若干细胞进行遗传学检测,最终选择无患病风险的胚胎植入母体子宫,从而达到生育健康后代的目的。pgt可有效避免因妊娠遗传病胎儿而终止妊娠所带来的身心伤害,越来越成为有生育遗传病高风险胎儿夫妇的首选。
5.根据欧洲人类生殖与胚胎协会(eshre)“对于以扩增为基础的pgt-m实践指南”(2020年版),建议单基因遗传病的植入前遗传学诊断,采用突变检测联合单体型分析的策略,以保证胚胎检测结果的准确度。在胚胎水平进行opn1lw基因检测的常见方法有连锁分析和突变检测。
6.多重巢式pcr法需要预先为opn1lw女性携带者筛选出杂合的短串联重复序列(str),然后在淋巴细胞水平建立包含突变位点和杂合str位点的多重pcr体系,并在细胞水平评估各位点扩增效率及等位基因脱扣率,合格后才能应用于胚胎检测。由于str数量有限,且人群中杂合频率不同,所以多重巢式pcr法设计较为个性化,通用性较低。个性化强也意味着工作量大,周期长。
7.相较于str位点,单核苷酸多态位点(snp)数量多分布广,在人群中的发生频率超
过1%,其总数达300万个,平均1个/3kb,在高通量测序平台易实现自动化分析。karyomapping技术即通过snp连锁分析间接排除基因缺陷。该芯片上有30万个snp探针用于全基因组的连锁分析,是一种综合的通用的单基因病pgd技术。但是karyomapping不能检测基因突变,所以必须要有先证者样本或合适的家系成员样本。如果没有足够的家系样本,则需要额外增加突变检测。
8.目前,临床上急需开发一种既能检测到opn1lw基因所有编码区,又能涵盖基因内及上下游足够多snp位点的方法,用于判断胚胎基因型。
技术实现要素:
9.基于此,有必要提供通用性强、诊断率高、成本低的检测opn1lw基因突变的引物组合、试剂盒及方法。
10.本技术的第一个方面,提供了一种检测opn1lw基因突变的引物组合,所述引物组合包括如seq id no.1~seq id no.338所示的引物对1至引物对169中的一对或者多对。
11.在其中一个实施例中,所述引物组合包括核苷酸序列如seq id no.1~seq id no.338所示的引物对1至引物对169。
12.本技术的第二个方面,提供了一种检测opn1lw基因突变的试剂盒,包括权利要求1或2所述的引物组合。
13.在其中一个实施例中,所述试剂盒还包括pcr反应试剂。
14.在其中一个实施例中,所述pcr反应试剂包括pcr缓冲液、dna聚合酶、mg2+和dntps中的一种或多种。
15.本技术的第三个方面,提供了一种opn1lw基因突变的检测方法,包括以下步骤:
16.获取样本的基因dna;
17.使用所述引物组合或者所述试剂盒对所述样本的基因组dna的opn1lw基因编码区及其上下游snp位点进行pcr扩增;对pcr扩增产物进行分析,根据分析结果确定opn1lw基因突变类型。
18.在其中一个实施例中,所述opn1lw基因编码区及其上下游snp位点包括:chrx:151413104、chrx:151413969、chrx:151415187、chrx:151603258、chrx:151605166、chrx:151622915、chrx:151631409、chrx:151654070、chrx:151666727、chrx:151673048、chrx:151721598、chrx:151769166、chrx:151819323、chrx:151821277、chrx:151824105、chrx:151825889、chrx:151827568、chrx:151835761、chrx:151835830、chrx:151964644、chrx:151976018、chrx:151981538、chrx:152039335、chrx:152026871、chrx:152054064、chrx:152054731、chrx:152089039、chrx:152091689、chrx:152104492、chrx:152108302、chrx:152171365、chrx:152174732、chrx:152190614、chrx:152201983、chrx:152215504、chrx:152513202、chrx:152560848、chrx:152563618、chrx:152567638、chrx:152568385、chrx:152568523、chrx:152644566、chrx:152651757、chrx:152652164、chrx:152658938、chrx:152670352、chrx:152682605、chrx:152699128、chrx:152699597、chrx:152699719、chrx:152702483、chrx:152704204、chrx:152720579、chrx:152727361、chrx:152728155、chrx:152729282、chrx:152730076、chrx:152737226、chrx:152769502、chrx:152770230、chrx:152771509、chrx:152774221、chrx:152779715、chrx:152782172、chrx:152794075、chrx:
152814373、chrx:152876697、chrx:152877997、chrx:152892987、chrx:152899922、chrx:152906292、chrx:153015953、chrx:153020247、chrx:153027282、chrx:153027633、chrx:153031839、chrx:153045438、chrx:153061775、chrx:153067110、chrx:153072107、chrx:153080522、chrx:153090060、chrx:153092936、chrx:153101092、chrx:153108906、chrx:153129038、chrx:153131957、chrx:153137108、chrx:153139884、chrx:153146400、chrx:153154887、chrx:153158356、chrx:153167690、chrx:153170355、chrx:153170995、chrx:153171993、chrx:153189819、chrx:153195921、chrx:153197130、chrx:153207545、chrx:153227426、chrx:153239720、chrx:153247722、chrx:153247745、chrx:153247954、chrx:153248248、chrx:153297392、chrx:153301467、chrx:153311980、chrx:153317154、chrx:153325446、chrx:153330920、chrx:153348431、chrx:153549993、chrx:153551383、chrx:153554404、chrx:153554883、chrx:153579448、chrx:153595418、chrx:153598084、chrx:153598413、chrx:153609963、chrx:153639255、chrx:153713787、chrx:153715316、chrx:153755989、chrx:153762678、chrx:153886394、chrx:153892867、chrx:153904397、chrx:153939663、chrx:153945602、chrx:153947981、chrx:154019083、chrx:154031010、chrx:154059677、chrx:154078042、chrx:154087368、chrx:154158285、chrx:154173530、chrx:154182952、chrx:154187232、chrx:154193211、chrx:154194989、chrx:154229403、chrx:154247392、chrx:154282391、chrx:154314030、chrx:154402806、chrx:154408041、chrx:154416937、chrx:154437617、chrx:154440161、chrx:154467457、chrx:154479421、chrx:154484937、chrx:154498348、chrx:154514919、chrx:154683663、chrx:154735698、chrx:154758477、chrx:154774663、chrx:154774707、chrx:154776644、chrx:154777564、chrx:154827280、chrx:154892230、chrx:154899846和chrx:155148889。
19.在其中一个实施例中,在对所述pcr扩增产物进行分析的方法包括:对所述pcr扩增产物进行高通量测序。
20.在其中一个实施例中,所述样本选自外周血、精液、口腔粘膜细胞和胚胎细胞中的一种或多种。
21.本技术的第四个方面,提供了一种所述的引物组合或所述试剂盒在用于制备检测opn1lw基因突变的产品中的用途。
22.与传统的技术相比,本技术还包括如下有益效果:
23.本技术提供了一种opn1lw基因突变的引物组合、试剂盒及方法,通过对样本的opn1lw基因编码区及其上下游snp位点进行pcr扩增的方法,可检测出样本的opn1lw的单体型和基因型。本技术的优越性主要包括以下几点:
24.(1)snp数量多:采用本技术的检测方法可对169个snp位点进行分析。
25.(2)通用性高,准确率高:采用本技术的检测方法对opn1lw携带者样本进行检测时,突变位点覆盖opn1lw致病基因6个外显子,通过标准设定为突变位点两侧各有不小于3个有效snp,受检者通过率为100%。
26.(3)成本低:采用本技术的检测引物组合物进行检测时,降低了对opn1lw的单体型分析的成本。
27.(4)效率高:省去了细胞水平预实验。
具体实施方式
28.为了便于理解本技术,下面将参照相关实施例对本技术进行更全面的描述。但是,本技术可以以许多不同的形式来实现,并不限于本文所描述的实施例。相反地,提供这些实施例的目的是使对本技术的公开内容的理解更加透彻全面。
29.术语
30.除非另外说明或存在矛盾之处,本文中使用的术语或短语具有以下含义:
31.本技术中,涉及“和/或”、“或/和”、“及/或”的选择范围包括两个或两个以上相关所列项目中任一个项目,也包括相关所列项目的任意的和所有的组合,所述任意的和所有的组合包括任意的两个相关所列项目、任意的更多个相关所列项目、或者全部相关所列项目的组合。需要说明的是,当用至少两个选自“和/或”、“或/和”、“及/或”的连词组合连接至少三个项目时,应当理解,该技术方案毫无疑问地包括均用“逻辑与”连接的技术方案,还毫无疑问地包括均用“逻辑或”连接的技术方案。
32.本技术中,涉及“可选地”、“可选的”、“可选”,指可有可无,也即指选自“有”或“无”两种并列方案中的任一种。如果一个技术方案中出现多处“可选”,如无特别说明,且无矛盾之处或相互制约关系,则每项“可选”各自独立。
33.本技术中,涉及“优选”、“更好”、“更佳”、“为宜”仅为描述效果更好的实施方式或实施例,应当理解,并不构成对本技术保护范围的限制。
34.本技术中,涉及“进一步”、“更进一步”、“特别”等用于描述目的,表示内容上的差异,但并不应理解为对本技术保护范围的限制。
35.本技术中,涉及“第一方面”、“第二方面”、“第三方面”、“第四方面”等中,术语“第一”、“第二”、“第三”、“第四”等仅用于描述目的,不能理解为指示或暗示相对重要性或数量,也不能理解为隐含指明所指示的技术特征的重要性或数量。而且“第一”、“第二”、“第三”、“第四”等仅起到非穷举式的列举描述目的,应当理解并不构成对数量的封闭式限定。
36.本技术中,涉及到数值区间(也即数值范围),如无特别说明,可选的数值分布在上述数值区间内视为连续,且包括该数值范围的两个数值端点(即最小值及最大值),以及这两个数值端点之间的每一个数值。如无特别说明,当数值区间仅仅指向该数值区间内的整数时,包括该数值范围的两个端点整数,以及两个端点之间的每一个整数,在本文中,相当于直接列举了每一个整数,比如t为选自1~10的整数,表示t为选自由1、2、3、4、5、6、7、8、9和10构成的整数组的任一个的整数。此外,当提供多个范围描述特征或特性时,可以合并这些范围。换言之,除非另有指明,否则本文中所公开之范围应理解为包括其中所归入的任何及所有的子范围。
37.本技术中,以开放式描述的技术特征中,包括所列举特征组成的封闭式技术方案,也包括包含所列举特征的开放式技术方案。
38.除非另有定义,本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本技术的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的,不是旨在于限制本技术。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
39.读段(reads)是指测序获得的序列片段。
40.单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)是指在基因组水平上
由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性。
41.单体型(haplotype)又称单倍体型或单元型,指位于一条染色体特定区域的一组相互关联,并倾向于以整体遗传给后代的单核苷酸多态的组合。
42.测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值,可以理解为基因组中每个被测到的碱基重复被测序的的平均次数(以碱基数量为单位),在本技术的一个实施方案中,测序深度为1000x,即代表该条特异pcr扩增产物被测序1000次。
43.本技术的第一个方面,提供了一种检测opn1lw基因突变的引物组合,所述引物组合包括如seq id no.1~seq id no.338所示的引物对1至引物对169中的一对或者多对。
44.可选地,所述引物组合包括核苷酸序列如seq id no.1~seq id no.338所示的引物对1至引物对169。
45.本技术的第二个方面,提供了一种检测opn1lw基因突变的试剂盒,包括权利要求1或2所述的引物组合。
46.可选地,所述试剂盒还包括pcr反应试剂。
47.进一步地,所述pcr反应试剂包括pcr缓冲液、dna聚合酶、mg
2+
和dntps中的一种或多种。
48.本技术的第三个方面,提供了一种opn1lw基因突变的检测方法,包括以下步骤:
49.获取样本的基因dna;
50.使用所述引物组合或者所述试剂盒对所述样本的基因组dna的opn1lw基因编码区及其上下游snp位点进行pcr扩增;对pcr扩增产物进行分析,根据分析结果确定opn1lw基因突变类型。
51.可选地,所述opn1lw基因编码区及其上下游snp位点包括:chrx:151413104、chrx:151413969、chrx:151415187、chrx:151603258、chrx:151605166、chrx:151622915、chrx:151631409、chrx:151654070、chrx:151666727、chrx:151673048、chrx:151721598、chrx:151769166、chrx:151819323、chrx:151821277、chrx:151824105、chrx:151825889、chrx:151827568、chrx:151835761、chrx:151835830、chrx:151964644、chrx:151976018、chrx:151981538、chrx:152039335、chrx:152026871、chrx:152054064、chrx:152054731、chrx:152089039、chrx:152091689、chrx:152104492、chrx:152108302、chrx:152171365、chrx:152174732、chrx:152190614、chrx:152201983、chrx:152215504、chrx:152513202、chrx:152560848、chrx:152563618、chrx:152567638、chrx:152568385、chrx:152568523、chrx:152644566、chrx:152651757、chrx:152652164、chrx:152658938、chrx:152670352、chrx:152682605、chrx:152699128、chrx:152699597、chrx:152699719、chrx:152702483、chrx:152704204、chrx:152720579、chrx:152727361、chrx:152728155、chrx:152729282、chrx:152730076、chrx:152737226、chrx:152769502、chrx:152770230、chrx:152771509、chrx:152774221、chrx:152779715、chrx:152782172、chrx:152794075、chrx:152814373、chrx:152876697、chrx:152877997、chrx:152892987、chrx:152899922、chrx:152906292、chrx:153015953、chrx:153020247、chrx:153027282、chrx:153027633、chrx:153031839、chrx:153045438、chrx:153061775、chrx:153067110、chrx:153072107、chrx:153080522、chrx:153090060、chrx:153092936、chrx:153101092、chrx:153108906、chrx:153129038、chrx:153131957、chrx:153137108、chrx:153139884、chrx:153146400、chrx:153154887、chrx:
153158356、chrx:153167690、chrx:153170355、chrx:153170995、chrx:153171993、chrx:153189819、chrx:153195921、chrx:153197130、chrx:153207545、chrx:153227426、chrx:153239720、chrx:153247722、chrx:153247745、chrx:153247954、chrx:153248248、chrx:153297392、chrx:153301467、chrx:153311980、chrx:153317154、chrx:153325446、chrx:153330920、chrx:153348431、chrx:153549993、chrx:153551383、chrx:153554404、chrx:153554883、chrx:153579448、chrx:153595418、chrx:153598084、chrx:153598413、chrx:153609963、chrx:153639255、chrx:153713787、chrx:153715316、chrx:153755989、chrx:153762678、chrx:153886394、chrx:153892867、chrx:153904397、chrx:153939663、chrx:153945602、chrx:153947981、chrx:154019083、chrx:154031010、chrx:154059677、chrx:154078042、chrx:154087368、chrx:154158285、chrx:154173530、chrx:154182952、chrx:154187232、chrx:154193211、chrx:154194989、chrx:154229403、chrx:154247392、chrx:154282391、chrx:154314030、chrx:154402806、chrx:154408041、chrx:154416937、chrx:154437617、chrx:154440161、chrx:154467457、chrx:154479421、chrx:154484937、chrx:154498348、chrx:154514919、chrx:154683663、chrx:154735698、chrx:154758477、chrx:154774663、chrx:154774707、chrx:154776644、chrx:154777564、chrx:154827280、chrx:154892230、chrx:154899846和chrx:155148889。
52.可选地,在对所述pcr扩增产物进行分析的方法包括:对所述pcr扩增产物进行高通量测序。
53.可选地,所述高通量测序的平台为illuminamiseq。
54.可选地,所述pcr扩增方法为多重pcr扩增。
55.可选地,所述样本选自外周血、精液、口腔粘膜细胞和胚胎细胞中的一种或多种。
56.可以理解地是,该方法不是以有生命的人体或者动物体为直接实施对象,不属于疾病的诊断和治疗方法。
57.在一个具体示例中,对所述pcr扩增产物进行高通量测序包括:将测序结果与所述样本的亲本双方的dna序列进行比对,分析所述样本opn1lw的单体型。
58.在一个具体示例中,对所述pcr扩增产物进行高通量测序还包括:将测序结果与人类基因组参考序列进行比对,分析snp覆盖倍数和基因型。
59.本技术的第四个方面,提供了一种所述的引物组合或所述试剂盒在用于制备检测opn1lw基因突变的产品中的用途。
60.以下结合具体实施例进行进一步说明,以下具体实施例中所涉及的原料,若无特殊说明,均可来源于市售,所使用的仪器,若无特殊说明,均可来源于市售,所涉及到的工艺,如无特殊说明,均为本领域技术人员常规选择。
61.实施例1
62.snp位点的筛选与引物设计
63.1.snp位点的筛选原则:高频snp选取自千人基因组计划数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/);最小等位基因频率均大于0.2的高频snp位点;去除多聚核苷酸(polyn)和位点上下游50bp序列中gc含量》70%的snp位点;去除上下游50bp序列比对到人类基因组hg19有多个位置的snp位点(即去除同源性高的snp位点);
64.snp选取范围:优先选择基因内及基因(或突变位点)上下游1mb以内的snp位点,若1mb以内的snp数量少,可适当扩大范围,如上下游2mb。
65.按照上述方法筛选到opn1lw基因编码区及其上下游snp位点。
66.2.引物设计:通过在线平台(https://www.ampliseq.com/)针对上述opn1lw基因snp位点的筛选原则设计对应引物;引物序列如seq id no.1~seq id no.338所示,所述的引物的特异性高,具有相近的退火温度及pcr产物片段大小在120bp-280bp范围内。
67.snp位点及所述引物的序列详见表1:
68.表1
69.70.71.72.73.74.75.76.77.[0078][0079][0080]
实施例2
[0081]
1例opn1lw基因突变的植入前诊断:女方的父亲为红色单色弱,否认其他异常,家
族中叔叔及姑姑儿子均为红色单色弱患者,辨别其他颜色不受影响。现女方申请对本人及家系成员opn1lw进行检测。女方有红色单色弱家族史,liais单体型结果为:女方纯合,女方母亲杂合,两人无相关临床症状;女方父亲为半合,且为红色单色弱;男方未见变异,无相关临床症状。女方申请对本人及家系成员的opn1lw基因突变情况进行检测,具体检测步骤如下:
[0082]
1多重pcr捕获:将表1中的169对引物对混合到两个pcr反应管中,在两个pcr反应管中对活检细胞样本进行多重pcr扩增反应,对活检细胞样本的opn1lw基因及上下游的snp位点进行扩增。每份样本dna含量大于500ng。
[0083]
2按照illumina标准建库流程进行建库和测序。
[0084]
按照illumina标准建库流程对活检细胞全基因组扩增产物进行建库,用miseq进行测序。
[0085]
当待测的dna分子来自多个受试样品时,每个样品可以被加上不同的标签序列(barcode),以用于在测序过程中进行样品的区分,从而实现同时对多个样品进行测序。
[0086]
3数据分析:利用trimmomatic软件对illumina测序仪产生的原始数据去除接头序列,用bwa软件比对到人类hg19参考基因组,通过bwa(burrow-wheeler-aligner)进行比对,将读段与参考基因组序列比对,得到读段在参考基因组上的位置。最后分析活检细胞样本的单体型snp覆盖倍数和基因型。平均测序深度达到100x以上,即视为合格。
[0087]
snp的突变位点的检测结果如表2和表3所示。
[0088]
表2snp位点分布
[0089][0090]
表3有效snp位点统计
[0091][0092]
snp单体型如表4~表9所示,f0表示男方风险染色体,f1表示男方正常染色体;m0表示女方风险染色体,m1表示女方正常染色体。
[0093]
表4
[0094][0095]
表5
[0096][0097]
表6
[0098][0099]
表7
[0100][0101]
女方致病基因opn1lw(chrx:153409717-153424507)
[0102][0103]
表8
[0104][0105]
表9
[0106][0107]
实施例3
[0108]
采用实施例2的方法在100人份样本中进行了测试,检测的opn1lw携带者,突变位点覆盖opn1lw致病基因6个外显子,通过标准设定为基因两侧各有不小于3个的有效snp,100名受检者通过率100%。表明本技术的opn1lw基因突变的检测方法具有较高的通用性和准确性。
[0109]
由于opn1lw的单核苷酸多态位点(snp)数量多分布广,本技术提供了一种胚胎植入前遗传学检测方法,能够对opn1lw基因的210个snp进行分析,检测的snp数量多,通用性高;采用本技术的方法检测了100个opn1lw基因突变携带者,通过标准设定为突变位点两侧各有不小于3个有效snp,100名受检者通过率100%,通用性较高;省去了细胞水平预实验,本技术的检测方法能够在高通量测序平台易实现自动化分析,基于高通量测序技术基础上,在每个样品上加上不同的标签序列,可以一次性对大量样品进行分析,降低了opn1lw的单体型分析的成本;本技术的检测方法能用于检测染色体非整倍性,染色体结构异常以及单基因疾病,测序深度高,平均测序深度不小于100x,弥补了芯片检测易受探针影响的缺陷。
[0110]
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合,为使描述简洁,未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述,然而,只要这些技术特征的组合不存
在矛盾,都应当认为是本说明书记载的范围。
[0111]
以上所述实施例仅表达了本技术的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本技术构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本技术的保护范围。因此,本技术专利的保护范围应以所附权利要求为准。
技术特征:
1.一种检测opn1lw基因突变的引物组合,其特征在于,所述引物组合包括如seq idno.1~seq id no.338所示的引物对1至引物对169中的一对或者多对。2.根据权利要求1所述的引物组合,其特征在于,所述引物组合包括核苷酸序列如seq idno.1~seq id no.338所示的引物对1至引物对169。3.一种检测opn1lw基因突变的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1或2所述的引物组合。4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括pcr反应试剂。5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述pcr反应试剂包括pcr缓冲液、dna聚合酶、mg
2+
和dntps中的一种或多种。6.一种opn1lw基因突变的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:获取样本的基因dna;使用权利要求1或2所述引物组合或者权利要求3~5任一项所述试剂盒对所述样本的基因组dna的opn1lw基因编码区及其上下游snp位点进行pcr扩增;对pcr扩增产物进行分析,根据分析结果确定opn1lw基因突变类型。7.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,所述opn1lw基因编码区及其上下游snp位点包括:chrx:151413104、chrx:151413969、chrx:151415187、chrx:151603258、chrx:151605166、chrx:151622915、chrx:151631409、chrx:151654070、chrx:151666727、chrx:151673048、chrx:151721598、chrx:151769166、chrx:151819323、chrx:151821277、chrx:151824105、chrx:151825889、chrx:151827568、chrx:151835761、chrx:151835830、chrx:151964644、chrx:151976018、chrx:151981538、chrx:152039335、chrx:152026871、chrx:152054064、chrx:152054731、chrx:152089039、chrx:152091689、chrx:152104492、chrx:152108302、chrx:152171365、chrx:152174732、chrx:152190614、chrx:152201983、chrx:152215504、chrx:152513202、chrx:152560848、chrx:152563618、chrx:152567638、chrx:152568385、chrx:152568523、chrx:152644566、chrx:152651757、chrx:152652164、chrx:152658938、chrx:152670352、chrx:152682605、chrx:152699128、chrx:152699597、chrx:152699719、chrx:152702483、chrx:152704204、chrx:152720579、chrx:152727361、chrx:152728155、chrx:152729282、chrx:152730076、chrx:152737226、chrx:152769502、chrx:152770230、chrx:152771509、chrx:152774221、chrx:152779715、chrx:152782172、chrx:152794075、chrx:152814373、chrx:152876697、chrx:152877997、chrx:152892987、chrx:152899922、chrx:152906292、chrx:153015953、chrx:153020247、chrx:153027282、chrx:153027633、chrx:153031839、chrx:153045438、chrx:153061775、chrx:153067110、chrx:153072107、chrx:153080522、chrx:153090060、chrx:153092936、chrx:153101092、chrx:153108906、chrx:153129038、chrx:153131957、chrx:153137108、chrx:153139884、chrx:153146400、chrx:153154887、chrx:153158356、chrx:153167690、chrx:153170355、chrx:153170995、chrx:153171993、chrx:153189819、chrx:153195921、chrx:153197130、chrx:153207545、chrx:153227426、chrx:153239720、chrx:153247722、chrx:153247745、chrx:153247954、chrx:153248248、chrx:153297392、chrx:153301467、chrx:153311980、chrx:153317154、chrx:153325446、chrx:153330920、chrx:153348431、chrx:153549993、chrx:153551383、chrx:153554404、chrx:153554883、chrx:153579448、chrx:153595418、chrx:
153598084、chrx:153598413、chrx:153609963、chrx:153639255、chrx:153713787、chrx:153715316、chrx:153755989、chrx:153762678、chrx:153886394、chrx:153892867、chrx:153904397、chrx:153939663、chrx:153945602、chrx:153947981、chrx:154019083、chrx:154031010、chrx:154059677、chrx:154078042、chrx:154087368、chrx:154158285、chrx:154173530、chrx:154182952、chrx:154187232、chrx:154193211、chrx:154194989、chrx:154229403、chrx:154247392、chrx:154282391、chrx:154314030、chrx:154402806、chrx:154408041、chrx:154416937、chrx:154437617、chrx:154440161、chrx:154467457、chrx:154479421、chrx:154484937、chrx:154498348、chrx:154514919、chrx:154683663、chrx:154735698、chrx:154758477、chrx:154774663、chrx:154774707、chrx:154776644、chrx:154777564、chrx:154827280、chrx:154892230、chrx:154899846和chrx:155148889。8.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,在对所述pcr扩增产物进行分析的方法包括:对所述pcr扩增产物进行高通量测序。9.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,所述样本选自外周血、精液、口腔粘膜细胞和胚胎细胞中的一种或多种。10.权利要求1或2所述的引物组合或权利要求3~5任一项所述试剂盒在用于制备检测opn1lw基因突变的产品中的用途。
技术总结
本申请提供了一种检测OPN1LW基因突变的引物组合、试剂盒及方法,所述引物组合包括如SEQ ID No.1~SEQ ID No.338所示的引物对1至引物对169对中的一对或者多对。本申请提供了一种通用性强和诊断率高的胚胎植入前遗传学检测OPN1LW突变的方法,可用于高通量测序检测OPN1LW基因突变。OPN1LW基因突变。
技术研发人员:唐雪梅 杜娟 何文斌 林戈 李汶 张前军
受保护的技术使用者:湖南光琇高新生命科技有限公司
技术研发日:2023.07.07
技术公布日:2023/8/24
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