水稻基因组重组核酸片段Rec31601及其检测方法

水稻基因组重组核酸片段rec31601及其检测方法
技术领域
1.本技术涉及利用基因组育种技术选育含有粒长/粒重/耐碱基因的水稻植株，以及由此获得的基因组重组核酸片段及其检测方法，属于植物基因组育种技术领域。


背景技术：

2.长期以来，传统的育种方法主要依赖于育种家的个人经验对育种材料进行田间表型观察、评价和取舍，存在育种周期长和效率低下的缺点。基因组育种技术的不断发展为快速高效育种提供了新的方法，育种家能够根据与目的基因紧密关联的分子标记的检测结果来对目标性状进行鉴定和选择，这降低了性状改良选择的盲目性，提高了育种的精确度，缩短了育种年限。
3.粒型是水稻产量形成的关键因素之一。随着对水稻粒型基因的不断深入研究，许多与影响水稻粒型相关的基因被定位和克隆。其中，定位于水稻第3号染色体近着丝粒区的gs3位点已被证明是控制水稻粒长/粒重的主效qtl(mao h,et al.pnas,2010,107(45):19579-19584)，能够用来作为水稻粒长/粒重性状改良的目标基因。
4.某个品种特定性状的精确改良往往通过回交转育的方法实现，即将携带优良性状的供体亲本与待改良品种(受体)杂交，导入优良性状基因片段，再将后代与受体品种不断多轮杂交(即回交)，从而实现除优良性状基因片段外其他背景区域保持受体品种基因型，获得受体品种其他性状不变的同时，精确改良目标性状的效果。在这一过程中，优良性状基因片段导入受体后会形成一段重组核酸片段，由于重组事件是一个随机发生的过程，因此在杂交群体中，每个单株个体的重组核酸片段是有差异的，育种家需要利用分子标记的手段对每个个体的重组片段进行鉴定，并选择包含目的基因且导入片段最小的单株，这样才是对受体品种最精准的性状改良。由于每个品种的待改良区域存在着序列差异，因此重组事件的发生情况会随着供体材料和受体材料的不同而有差异，育种家无法在性状改良和重组核酸片段鉴定前预测出准确的重组片段信息，只能在性状转育过程中进行鉴定筛选。而鉴定出的重组核酸片段反映了每个改良个体的身份信息。育种家所选择的导入片段最小的个体，就是具有商业化价值的改良品种。


技术实现要素：

5.本发明提供一种水稻基因组重组核酸片段rec31601，其特征在于，包括如下任意一种：
6.i)含有seq id no:1第510-529位所示序列和第634-653位所示序列的组合或其反向互补序列的组合；或
7.ii)含有seq id no:2第450-469位所示序列和第1864-1883位所示序列的组合或其反向互补序列的组合；
8.在一些实施方案中，上述的片段包括如下任意一种：
9.i)seq id no:1所示序列或其反向互补序列；或
10.ii)seq id no:2所示序列或其反向互补序列。
11.seq id no：1是rec31601上游同源重组片段，长1195bp，其中第1-519bp为受体“空育131”的基因组片段，第520-643bp为同源重组片段，第644-1195bp为供体“明恢63”的基因组片段。第519位是源于“空育131”的特异性snp位点，第644位是源于“明恢63”的特异性snp位点。因此，在水稻基因组中同时鉴定出seq id no:1第510-529位所示序列和第634-653位所示序列即可认为含有rec31601上游同源重组片段。
12.seq id no：2是rec31601下游同源重组片段，长度为2268bp，其中第1-459bp为供体“明恢63”的基因组片段，第460-1963bp为同源重组区段，第1964-2268bp为受体“空育131”的基因组片段。第459位是源于“明恢63”的特异性indel位点，第1964位是源于“空育131”的特异性snp位点。因此，在水稻基因组中同时鉴定出seq id no:2第450-469位所示序列和第1864-1883位所示序列即可认为含有rec31601下游同源重组片段。
13.本发明还提供一种检测水稻中是否含有上述基因组重组核酸片段的方法，其特征在于，检测待测材料基因组中seq id no:1所示序列第519位和第644位的碱基，或seq id no:2所示序列第459位和第1964位的碱基；如果seq id no:1所示序列第519位和第644位的碱基分别为a和a，或seq id no:2所示序列第459位和第1964位的碱基分别为c和t；则待测材料中含有上述基因组重组核酸片段。
14.在一些实施方案中，上述方法可以使用一些常见的snp鉴定方法，例如kasp或直接测序等，只要水稻基因组中seq id no:1对应序列第519位和第644位的碱基分别为a和a，或seq id no:2对应序列第459位和第1964位的碱基分别为c和t，即可认为该待测材料为“空育131-gs3”，或由“空育131-gs3”作为亲本通过其他育种手段所培育的新材料。
15.在一些实施方案中，上述的方法使用seq id no.12-seq id no.15所示序列的引物，或seq id no.16-seq id no.23所示序列的引物扩增待测水稻样品，对扩增产物进行测序并与seq id no:1或seq id no:2所示序列进行比对。
16.本发明还提供一种水稻育种方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
17.1)获得至少一种水稻植物，所述水稻植物在其基因组中依次包含seq id no:1第510-529位、第634-653位、编码seq id no:24的序列、seq id no:2第450-469位、第1864-1883位所示序列，或者所述水稻植物的基因组中依次包含seq id no:1、编码seq id no:24的序列和seq id no:2；
18.2)将步骤1)所获得的水稻通过花粉培养、未受精胚培养、加倍培养、细胞培养、组织培养、自交或杂交或以上的组合得到水稻植物、种子、植物细胞、后代植物或植物部分；以及任选地，
19.3)在步骤2)所获得的后代植物中选择粒长和/或粒重和/或耐碱性增加的植物。
20.本领域技术人员可以使用空育131-gs3作为亲本，将rec31601片段和gs3基因作为一个整体片段导入其他任何一种水稻材料中，从而培育其他水稻品种；也可以在rec31601和gs3基因的整体片段的非编码区定向插入其他功能基因，或者利用诱变或基因编辑等手段改变其他一些不影响gs3蛋白(seq id no.24所示序列，核酸序列如seq id no.25所示)编码的一个或多个碱基，从而获得新的水稻材料。
21.本发明还提供由上述方法获得的水稻植物、种子、植物细胞、后代植物或植物部分制成的制品，包括大米、米粉等食品，大米制成的饲料，或秸秆籽粒等制成的工业酒精、工业
淀粉等工业原料。
22.本发明还意外发现，空育131-gs3具有耐碱特性，因此本发明还提供gs3蛋白(seq id no.24所示序列)或seq id no.25所示核酸序列提高植物耐碱性的新用途。
23.本发明的有益效果在于：本发明将“明恢63”中的gs3基因片段导入“空育131”中以改良其粒长/粒重/耐碱性状，并利用分子标记手段对重组单株进行筛选，获得了成功导入gs3基因片段且背景最接近“空育131”的改良株系“空育131-gs3”。该株系粒长/粒重性状得到了明显的增加，同时意外的发现，耐碱性也得到了显著的提高。本发明鉴定出“空育131-gs3”的基因组重组核酸片段，该片段具有唯一性，依据该片段可以鉴定“空育131-gs3”以及利用“空育131-gs3”培育的其他衍生品系的身份特征。本发明还意外发现，空育131-gs3具有耐碱特性，因此提供了gs3蛋白和其编码核酸序列提高植物耐碱性的新用途。
附图说明
24.附图1水稻全基因组育种芯片gsr40k检测空育131-gs3基因型结果。短线代表从明恢63中导入的片段。
25.附图2空育131与空育131-gs3籽粒对比图。
26.附图3在碱地上，空育131-gs3与空育131的小区产量比较。ky
nil
(gs3)：空育131；ky
nil
(gs3-)：空育131-gs3。panicle number：穗数；grains per panicle：每穗粒数；1000-grain weight：千粒重；grain yield per clump：单蔸产量；grain yield：每公顷产量。
27.附图4正常田块上，空育131-gs3与空育131的小区产量比较。ky
nil
(gs3)：空育131；ky
nil
(gs3-)：空育131-gs3。grain yield：每公顷产量。
具体实施方式
28.提供以下定义和方法用以更好地界定本技术以及在本技术实践中指导本领域普通技术人员。除非另作说明，术语按照相关领域普通技术人员的常规用法理解。本文所引用的所有专利文献、学术论文、行业标准及其他公开出版物等，其中的全部内容整体并入本文作为参考。
29.如本文所用，“植物”是任何植物，包括整株植物、植物细胞、植物器官、植物原生质体、植物可以从中再生的植物细胞组织培养物、植物愈伤组织、植物或植物部分中完整的植物细胞，所述植物部分例如胚、花粉、胚珠、种子、叶、花、枝、果实、茎杆、根、根尖、花药等。除非另有所指，核酸以5’至3’方向从左向右书写。数字范围包括限定该范围的数字。如本文所用，“核酸”包括涉及单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸多聚物，并且除非另有限制，包括具有天然核苷酸基本性质的已知类似物(例如，肽核酸)，所述类似物以与天然存在的核苷酸类似的方式与单链核酸杂交。如本文所用，涉及特定多核苷酸或其所编码的蛋白的“全长序列”指具有天然(非合成)内源序列的整个核酸序列或整个氨基酸序列。全长多核苷酸编码该特定蛋白的全长、催化活性形式。
30.术语“性状”是指植物或特定的植物材料或细胞的生理、形态、生化或物理特性。在一些情况下，此特性对人眼是可见的，诸如种子或植株大小，或者可通过生物化学技术测量，诸如检测种子或叶的蛋白质、淀粉或油含量，或者通过观察代谢或生理过程，例如通过测量对水剥夺或特定盐或糖或氮浓度的耐受性，或者通过观察一个或多个基因的表达水
平，或者通过农艺观察结果诸如渗透胁迫耐受性或收率。
31.在本技术中，将词语“包括”、“包含”或其变体应理解为除所描述的元素、数或步骤外，还包含其它元素、数或步骤。“受试植物”或“受试植物细胞”是指遗传改造已经生效的植物或植物细胞，或者如此改造的植物或细胞的子代细胞，该子代细胞包含所述改造。“对照”或“对照植物”提供用于测量受试植物表型改变的参考点。
32.阴性或对照植物可以包括，例如：(a)野生型植物或细胞，即与遗传改造起始材料具有相同基因型的植物或细胞，所述遗传改造产生受试植物或细胞；(b)与所述起始材料具有相同基因型但已用空构建体(即用对目的性状无已知效果的构建体，诸如包含标物基因的构建体)转化的植物或植物细胞；(c)是受试植物或植物细胞的非转化分离子的植物或植物细胞；(d)与所述受试植物或植物细胞在遗传上一致但未暴露于会诱导目的基因表达的条件或刺激物的植物或植物细胞；或(e)受试植物或植物细胞自身，其处于目的基因不被表达的条件下。
33.在一些实施方案中，序列一致性的鉴定包括杂交技术。例如，将已知核苷酸序列的全部或部分用作与其它相应核苷酸序列选择性杂交的探针，所述其它相应核苷酸序列存在于来自所选生物体的已克隆基因组dna片段或cdna片段群(即基因组文库或cdna文库)。所述杂交探针可以是基因组dna片段、cdna片段、rna片段或其它寡核苷酸，并且可以用诸如32p的可检测基团或其它可检测标志物来标记。因而，例如，可以通过标记基于实施方案序列的合成寡核苷酸制备杂交探针。制备杂交探针和构建cdna及基因组文库的方法通常为本领域已知。可以在严紧条件下进行所述序列的杂交。如本文所用，术语“严紧条件”或“严紧杂交条件”表示如下条件，即在该条件下，相对于与其它序列杂交，探针将以可检测的更大程度(例如，背景的至少2倍、5倍或10倍)与其靶序列杂交。严紧条件是序列依赖性的并且在不同环境中有所不同。通过控制杂交严紧性和/或控制清洗条件，可以鉴定与所述探针100％互补的靶序列(同源探针法)。可选择地，可以调节严紧条件，以允许一些序列错配，以便检测较低的相似度(异源探针法)。通常，探针长度少于约1000或500个核苷酸。通常，严紧条件是如下的条件，即在该条件中，盐浓度为ph 7.0至8.3下，少于约1.5m na离子，通常约0.01m至1.0m na离子浓度(或其它盐)，并且温度条件为：当用于短探针时(例如10到50个核苷酸)，至少约30℃；当用于长探针时(例如大于50个核苷酸)，至少约60℃。还可以通过添加诸如甲酰胺的去稳定剂来实现严紧条件。示例性的低严紧条件包括37℃下使用30％至35％的甲酰胺缓冲液、1m nacl、1％sds(十二烷基硫酸钠)杂交，50℃至55℃下在1
×
至2
×
ssc(20
×
ssc＝3.0m nacl/0.3m柠檬酸三钠)中清洗。示例性的中度严紧条件包括37℃下在40％至45％甲酰胺、1.0m nacl、1％sds中杂交，55℃至60℃下在0.5
×
至1
×
ssc中清洗。示例性的高严紧条件包括37℃下在50％甲酰胺、1m nacl、1％sds中杂交，60℃至65℃下在0.1
×
ssc中最后清洗至少约20分钟。任选地，清洗缓冲液可以包含约0.1％至约1％sds。杂交持续时间通常少于约24小时，通常为约4小时至约12小时。特异性通常依赖杂交后的清洗，关键因素在于最后清洗溶液的离子强度和温度。dna-dna杂合体的tm(热力学熔点)可以近似自meinkoth and wahl(1984)anal.biochem.138:267-284的公式：tm＝81.5℃+16.6(logm)+0.41(％gc)-0.61(％甲酰胺)-500/l；其中m是一价阳离子的克分子浓度，％gc是dna中鸟苷和胞嘧啶核苷酸的百分数，“甲酰胺％”是杂交溶液的甲酰胺百分数，而l是杂合体的碱基对长度。tm是(确定的离子强度和ph下)50％的互补靶序列与完全匹配的探针杂交时的温
度。通常将清洗至少进行至达到平衡，并且达到低的杂交背景水平，诸如进行2小时、1小时或30分钟。每1％的错配对应使tm降低约1℃；因而，可以调节tm、杂交和/或清洗条件，从而与所需一致性的序列杂交。例如，如果需要≥90％一致性的序列，可以将tm降低10℃。通常，将严紧条件选择为比确定离子强度和ph下的特异序列及其互补序列的tm低约5℃。然而，在非常严紧的条件下，可以在比所述tm低4℃下进行杂交和/或清洗；在中度严紧条件下，可以在比所述tm低6℃下进行杂交和/或清洗；在低严紧条件下，可以在比所述tm低11℃下进行杂交和/或清洗。
34.如本文所用，术语“片段”指实施方案的多核苷酸的核苷酸序列的一部分或者多肽的氨基酸序列的一部分。
35.以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本技术的范围。若无特别指明，实施例按照常规实验条件，如sambrook等人的分子克隆实验手册(sambrook j&russell dw,molecular cloning:a laboratory manual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。若未特别指明，实施例中所用的化学试剂均为常规市售试剂，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
36.本技术中所使用的水稻植株材料信息均可参见中国水稻品种及其系谱数据库(https://www.ricedata.cn/variety/index.htm)。
37.本发明中所提到的水稻基因组物理位置均参照水稻日本晴基因组msu/tigr注释第7版(http://rice.uga.edu)。
38.实施例1粒长/粒重性状转育及重组植株筛选
39.本实施例中使用的材料为已经商业化的水稻品种“空育131”和“明恢63”。
40.水稻“明恢63”的第3号染色体的gs3基因区段对该材料的粒长/粒重/耐碱性起到了关键作用。水稻“空育131”是一个综合性状优良的品种，但是粒长较短、粒重较轻、耐碱性差，有待改良的需求。把“明恢63”中的gs3基因区段导入“空育131”可以改良这个性状。本发明通过如下步骤对“空育131”进行粒长/粒重/耐碱性状的改良：
41.(1)前景选择标记的筛选：在重组植株的选育过程中，利用分子标记对重组植株进行前景选择，对所采用的前景选择分子标记进行了筛选。根据已公布的水稻“空育131”和“明恢63”全基因组序列信息(http://ricerc.sicau.edu.cn，http://rice.hzau.edu.cn/rice_rs3/)，针对两个亲本在第3号染色体的gs3基因组区段的核苷酸多态性差异，设计引物并进行多态性测试，最终将正向前景标记确定为rk0316c，上游负向前景标记为gs3u，下游负向前景标记为gs3d。上述分子标记的具体引物信息见表1。
42.表1前景选择分子标记引物信息
[0043][0044]
(2)回交转育及标记检测。以待改良品种“空育131”为轮回亲本，“明恢63”为供体亲本进行杂交和回交一代，获得bc1f1种子590粒，成苗后利用正向前景标记rk0316c和上游负向前景标记gs3u进行检测，在上游134.1kb区间内获得重组单株2株。将获得的2株上游重组单株与轮回亲本“空育131”进行回交，获得bc2f1种子100粒，成苗后利用正向前景选择标记rk0316c进行检测，获得目的基因杂合的单株42株，并从中选取与轮回亲本“空育131”田间株型相近的5个单株，继续与空育131回交，获得bc3f1种子280粒，成苗后利用正向前景标记rk0316c和下游负向前景标记gs3d进行检测，在下游103.1kb区间内获得重组单株1株，利用水稻全基因组育种芯片gsr40k(芯片信息详见cn111684113a)进行背景检测，双侧重组单株与轮回亲本再次进行回交，获得bc4f1种子88粒，成苗后利用正向前景选择标记rk0316c进行检测获得目的基因杂合的单株36株，并从中选取与轮回亲本“空育131”田间株型相近的5个单株，利用水稻全基因组育种芯片gsr40k进行背景检测，获得1株含导入片段，且背景与“空育131”最相似的单株。
[0045]
(3)将中选单株自交一次，获得bc4f2自交种220粒。随机选取24粒成苗后利用正向前景选择标记rk0316c进行筛选，获得目的基因纯合的单株5株，从中随机选取1株利用水稻全基因组育种芯片gsr40k进行前景和背景的确认检测(结果见附图1)，最终获得含纯合基因组重组核酸片段且背景回复的水稻植株，将其命名为“空育131-gs3”。
[0046]
实施例2空育131-gs3的性状鉴定
[0047]
为了鉴定“空育131”导入gs3片段后的效果，对本技术选育的新品系“空育131-gs3”在大田条件下的籽粒长度及千粒重性状进行了测定，同时以原品种“空育131”作为对照。具体方法如下：
[0048]“空育131-gs3”和“空育131”于2021年种植黑龙江省八五九农场第七管理区田间，每个品种(系)分别种植20行，每行10株，株间距30cm
×
12cm。成熟后每个品种(系)10株混合收种，自然晾干保存。
[0049]
从晾干后种子样本中随机选取10粒饱满粒，用电子数显游标卡尺测量粒长，重复3次，得到粒长性状数据；随机选取1000粒饱满粒，用电子天平称重，重复3次，得到千粒重性状数据。
[0050]
结果显示，与“空育131”相比，新品系“空育131-gs3”的籽粒长度增加了10.4％，千粒重增加了10.2％(数据见表2，“空育131”与“空育131-gs3”籽粒对比图见附图2)，具备高产品种潜质。
[0051]
表2空育131-gs3粒长/粒重性状表现
[0052][0053]
粒长单位：mm；千粒重单位：g。
[0054]
为了进一步鉴定“空育131”导入gs3片段后的效果，对本技术选育的新品系“空育131-gs3”在大田条件下进行各种不同的生物逆境和非生物逆境胁迫(例如高温、干旱、低温、激素处理等)，并比较主要农艺性状与原品种“空育131”的差异。
[0055]
发明人意外地发现，碱胁迫处理后，“空育131-gs3”的耐碱性比“空育131”有了很大的提升，而之前并没有公开资料显示gs3基因与植物耐碱性相关。
[0056]“空育131-gs3”耐碱性测试方法和结果具体如下：
[0057]“空育131-gs3”和“空育131”于2021年在吉林省白城市碱地(ph 9.17)和黑龙江省双鸭山市正常土地(ph 5.58)种植，每个品种(系)分别种植2m
×
4m小区，株间距30cm
×
15cm，每穴插秧3株，待成熟后考察单蔸产量和小区产量。
[0058]
结果表明，在碱地上，与“空育131”相比，“空育131-gs3”的每穗粒数和千粒重显著提高，单蔸产量提高了29.3％，小区产量提高了27.8％(附图3)。而在正常田块种植，“空育131-gs3”仅仅比“空育131”增产10.3％(附图4)。说明gs3基因在抗碱中具有显著的正调控作用。
[0059]
实施例3空育131-gs3的基因组重组核酸片段分析
[0060]
为了确定“空育131-gs3”中导入的gs3重组片段的大小，对“空育131-gs3”进行了目标基因组片段两侧基因组同源重组片段(命名为rec31601)进行分析。
[0061]
根据gsr40k的检测结果，初步确定基因组重组核酸片段rec31601的上游同源重组区间位于两个snp标记f0316599773tc和f0316612371ct之间约12.6kb区域(第3号染色体16601128bp-16613726bp)，下游同源重组区间位于两个snp标记f0316779808ga和f0316790461ct之间约10.6kb区域(第3号染色体16780934bp-16791587bp)。上下游区间内为来源于“明恢63”的gs3基因。结合已公布的水稻“空育131”和“明恢63”全基因组序列信息，针对两个亲本在这两个区间内有核苷酸序列差异的位点，设计引物，对“空育131-gs3”进行pcr扩增并测序(引物见表4)，将测序结果与“空育131”和“明恢63”参考基因组进行比较分析。
[0062]
表4 rec31601扩增及测序引物
[0063][0064][0065]
结果显示，rec31601上游同源重组片段测序长度为1195bp(seq id no：1)，其中第1-519bp为受体“空育131”的基因组片段，第520-643bp为同源重组片段，第644-1195bp为供体“明恢63”的基因组片段。第519位是源于“空育131”的特异性snp位点，第644位是源于“明恢63”的特异性snp位点。因此，在水稻基因组中同时鉴定出seq id no:1第519位和第644位碱基即可认为含有rec31601上游同源重组片段。
[0066]
rec31601下游同源重组片段测序长度为2268bp(seq id no：2)，其中第1-459bp为供体“明恢63”的基因组片段，第460-1963bp为同源重组区段，第1964-2268bp为受体“空育131”的基因组片段。第459位是源于“明恢63”的特异性indel位点，第1964位是源于“空育131”的特异性snp位点。因此，在水稻基因组中同时鉴定出seq id no:2第459位和第1964位碱基即可认为含有rec31601下游同源重组片段。
[0067]
上游和下游同源重组片段之间包含“明恢63”中的gs3基因区段(序列如seq id no.25所示)，该片段(反向互补序列)会表达截短的gs3蛋白(序列如seq id no.24所示)，赋予水稻粒长/粒重/耐碱性提高的特性。
[0068]
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。

技术特征：
1.水稻基因组重组核酸片段，其特征在于，包括如下任意一种：i)含有seq id no:1第510-529位所示序列和第634-653位所示序列的组合或其反向互补序列的组合；或ii)含有seq id no:2第450-469位所示序列和第1864-1883位所示序列的组合或其反向互补序列的组合。2.根据权利要求1所述的水稻基因组重组核酸片段，其特征在于，所述的片段包括如下任意一种：i)seq id no:1所示序列或其反向互补序列；或ii)seq id no:2所示序列或其反向互补序列。3.检测水稻中是否含有权利要求1或权利要求2任一项所述基因组重组核酸片段的方法，其特征在于，检测待测材料基因组中seq id no:1所示序列第519位和第644位的碱基，或seq id no:2所示序列第459位和第1964位的碱基；如果seq id no:1所示序列第519位和第644位的碱基分别为a和a，或seq id no:2所示序列第459位和第1964位的碱基分别为c和t；则待测材料中含有权利要求1或权利要求2任一项所述基因组重组核酸片段。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，使用seq id no.12-seq id no.15所示序列的引物，或seq id no.16-seq id no.23所示序列的引物扩增待测水稻样品，对扩增产物进行测序并与seq id no:1或seq id no:2所示序列进行比对。5.水稻育种方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1)获得至少一种水稻植物，所述水稻植物在其基因组中依次包含seq id no:1第510-529位、第634-653位、编码seq id no:24的序列、seq id no:2第450-469位、第1864-1883位所示序列，或者所述水稻植物的基因组中依次包含seq id no:1、编码seq id no:24的序列和seq id no:2；2)将步骤1)所获得的水稻通过花粉培养、未受精胚培养、加倍培养、细胞培养、组织培养、自交或杂交或以上的组合得到水稻植物、种子、植物细胞、后代植物或植物部分；以及任选地，3)在步骤2)所获得的后代植物中选择粒长和/或粒重和/或耐碱性增加的植物。6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于：编码seq id no:24的序列为seq id no:25所示序列或反向互补序列所示。7.由权利要求5或权利要求6任一项的方法获得的水稻植物、种子、植物细胞、后代植物或植物部分制成的制品，包括食品、饲料或工业原料。8.一种蛋白质在提高植物耐碱性中的应用，其特征在于：所述蛋白质的氨基酸序列如seq id no:24所示。9.一种核酸在提高植物耐碱性中的应用，其特征在于：所述核酸编码权利要求8中所述的蛋白；任选地，所述的核酸序列如seq id no:25或反向互补序列所示。

技术总结
本申请提供了一种水稻基因组重组核酸片段及其检测方法。本申请还提供了含有基因组重组核酸片段的水稻植株的选育方法，利用分子标记对重组植株进行前景选择和背景选择，获得了含有上述基因组重组核酸片段的水稻植株。含有上述基因组重组核酸片段的水稻植株。含有上述基因组重组核酸片段的水稻植株。


技术研发人员：李旭 陆君 张启发 欧阳亦聃
受保护的技术使用者：华中农业大学 湖北双水双绿生物科技有限公司
技术研发日：2022.08.18
技术公布日：2023/8/24