与甘蓝型油菜角果长性状的主效QTL位点紧密连锁的分子标记及应用的制作方法

与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记及应用
技术领域
1.本发明涉及分子生物学及油菜育种技术领域，特别涉及与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记及应用。


背景技术：

2.油菜是世界上重要的植物油来源之一，油菜角果大小，尤其是角果长度是影响油菜产量的主要因素之一。油菜产量性状主要由三个主要组成性状共同决定的：单株角果数、每角果粒数和种子粒重。这些组成部分中的每一个都与油菜角果发育密切相关。角果长度与每角果粒数和粒重呈正相关，但与单株角果数无关，表明籽粒大小是油菜籽产量的主要决定因素之一。鉴于较长的角果比较短的角果产生更多更大的种子，且角果长度具有高度遗传性，因此角果长度已成为油菜育种的目标性状之一。育种实践表明，在不同品种中导入长角果基因可提高每个角果的种子重量，而单株角果数很少或没有减少。
3.油菜的角果长度是一个典型的由多基因控制的数量性状，目前大部分研究集中在解析其遗传基础以及进行角果长qtl定位上。chen et al(2007)的一项早期油菜角果长qtl定位结果发现了13个qtl位点，分别位于a01，a03，a10，c02，c05，c07连锁群，单个qtl解释了5.5％～17.1％的表型变异。其中c02和c07连锁群为主效位点。zhang等(2011)确定了两个分别位于a03和a08连锁群sl的角果长主效qtlcqsl.a8和cqsl.a3。这两个主效位点在不同年份分别能够解释10.70％～11.16％及8.93％～18.80％的表型变异。yang等(2012)利用一个ril群体定位到一个能够解释表型变异高达53.4％的主效qtl，cqsla9，该位点同时调控粒重。cai等(2014)利用来源广泛的192份油菜栽培品种和自交系为群体，发现了6个标记与角果长显著相关，其中标记ea05mc08_1和brgms1039与yang等(2012)发现的主效位点cqsla9一致。qi等(2014)基于一个dh群体检测到4个调控角果长的qtl位点，其中qsla9位点与yang等(2012)发现的主效位点cqsla9一致。fu等(2015)利用一个dh群体和该群体衍生的rc-f2群体检测角果长qtl，同样发现了位于a09连锁群的主效qtl位点，在dh群体中该位点可以解释角果长表型变异17.9％～37.4％。wang等(2016)基于一个包含348个家系的dh群体，成功定位一个角果长主效位点，qsl-a6-2，该位点能够解释表型变异的14.36％。yang等(2017)基于dh群体鉴定出7个角果长qtl，其中位于c09连锁群的cqsl-c09为主效qtl，解释了26.54％的表型变异。dong等(2018)基于一个包含157份自交系材料构成的自然群体，鉴定到位于a09连锁群的是一个主效位点，单倍型分析发现该区间包含甘蓝型油菜中第一个被报道调控角果长的基因bnaa.arf18.a(liu et al 2015)。deng等(2019)基于dh群体在a09连锁群定位到两个调控角果长的主效qtlcqsl-a9-a和cqsl-a9-b，分别可以解释表型变异48.65％和52.13％。shen等(2019)利用近等基因系材料图位克隆了一个位于a09连锁群正向调控角果长的基因bnaa.cyp78a9.a。wang等(2019)利用两个dh群体，鉴定到两个主效位点，qtl qsl_zr_a09及qsl_rr_a09b，分别可以解释表型变异是15.00％～20.36％及14.99％～39.07％。综上所述，鉴于甘蓝型油菜角果长性状的遗传复杂性，还需要进一步鉴
定其他的主效qtl位点，并针对qtl位点设计分子标记，可有针对性地筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种等。


技术实现要素：

4.有鉴于此，本发明目的在于提供与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记及应用，本发明提供的分子标记可有针对性地筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种等。
5.为了实现上述目的，本发明提供以下技术方案：
6.与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，所述分子标记为indel分子标记，命名为sla02-9、sla02-14；其中，所述sla02-9的核苷酸序列如seq id no.5所示，所述sla02-14的核苷酸序列如seq id no.6所示。
7.其中，seq id no.5～seq id no.6的具体核苷酸序列如下所示：
8.seq id no.5：
9.tgtctctcggttgatcgtgagtccgaatgggatatcgtacgtcacg ttttatagtaataaaatatgtaaaaaaaattgttactattactgcgacga gagactctgaaagattggacgcagcc；
10.seq id no.6：
11.gatgatcatggtgttgcggctggtgatgatcatgtagcgcttgatg gttctgatgatgatgaggatgctgaggcaaaccatgatgatgacagac gatatctagatgatcgcagcaacgc。
12.在某些实施方案中，所述qtl位点位于甘蓝型油菜的a02染色体的第4857159位碱基～5262658位碱基之间，命名为cqsl.a02-1，对甘蓝型油菜角果长性状的贡献率为11.32％～16.44％；其中，所述甘蓝型油菜的a02染色体的可通过https://yanglab.hzau.edu.cn/bnir/jbrowse检索得到。
13.在某些实施方案中，所述sla02-9位于甘蓝型油菜的a02染色体的第5081412位碱基～5081541位碱基之间，所述sla02-14位于甘蓝型油菜的a02染色体的第5081412位碱基～5081541位碱基之间。
14.本发明还提供一种引物组，用于扩增上述技术方案中所述的indel分子标记。
15.在某些实施方案中，所述引物组包括用于扩增分子标记sla02-9的正向引物和反向引物，或用于扩增分子标记的sla02-14的正向引物和反向引物。
16.在某些实施方案中，所述用于扩增分子标记sla02-9的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如seq id no.1～seq id no.2所示；所述用于扩增分子标记sla02-14的正向引物和反向引物分别如seq id no.3～seq id no.4所示。
17.其中，seq id no.1～seq id no.4的具体核苷酸序列如下所示：
18.seq id no.1(sla02-9f)：5
’‑
tgtctctcggttgatcgtga-3’；
19.seq id no.2(sla02-9r)：5
’‑
ggctgcgtccaatctttcag-3’；
20.seq id no.3(sla02-14f)：5
’‑
gatgatcatggtgttgcggc-3’；
21.seq id no.4(sla02-14r)：5
’‑
gcgttgctgcgatcatctag-3’。
22.本发明还提供一种上述技术方案中所述indel分子标记的应用，所述应用包括但不限于筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、辅助甘蓝型油菜的育种。
23.本发明还提供一种上述技术方案中所述的引物组的应用，所述应用包括但不限于
筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种。
24.本发明还提供一种筛选甘蓝型油菜长角果品种的方法，所述方法包括：以待测甘蓝型油菜样品的基因组dna为模板，利用上述技术方案中所述的引物组进行pcr扩增，对扩增产物进行电泳检测，根据电泳结果判断甘蓝型油菜角果品种。
25.在某些实施方案中，所述pcr扩增的体系为：dna模板2μl、2
×
tap pcr mix 5μl、上下游引物共1μl和ddh2o 2μl；所述pcr扩增的程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸45s，35个循环；72℃延伸10min。
26.在某些实施方案中，所述根据电泳结果判断的判定标准为：若sla02-9和sla02-14分别在123bp、119bp均无扩增条带，则待测甘蓝型油菜样品为长角果品种，若sla02-9和sla02-14分别在123bp、119bp均有扩增条带，则待测甘蓝型油菜样品为短角果品种。
27.有益技术效果：本发明提供了一种与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，所述分子标记为indel分子标记，命名为sla02-9、sla02-14；其中，所述sla02-9的核苷酸序列如seq id no.5所示，所述sla02-14的核苷酸序列如seq id no.6所示。本发明为甘蓝型油菜角果长育种改良提供了优良的分子标记，通过分子标记辅助选择选育长角果材料进而可培育出高产油菜，具有准确性好、效率高、性价比高的优点。本发明将有助于油菜角果长相关基因的克隆、角果长相关基因功能标记的开发。
附图说明
28.图1为本发明构建dh群体、表型鉴定、图谱构建、qtl定位、a02主效qtl候选基因鉴定以及a02主效qtl区间分子标记开发鉴定应用的技术流程图；
29.图2为甘蓝型油菜长角果亲本158a和短角果亲本sgdh284的角果表型图；其中，左侧的五个角果为长角果亲本158a的成熟角果，右侧的五个角果为短角果亲本sgdh284的成熟角果；
30.图3为甘蓝型油菜158a-sgdh群体2019-2020年度两个重复和2020-2021年度两个重复的角果长表型频率分布图；其中，横坐标是角果长(cm)，纵坐标是密度(频率/组距)；
31.图4为两年四个重复角果长以及角果长blue值的相关性分析；
32.图5为158a-sgdh群体遗传连锁图谱；
33.图6为a02的连锁群bin标记信息；
34.图7为甘蓝型油菜a02连锁群角果长主效qtl区间候选基因的鉴定；上曲线代表在两种环境中五个重复中鉴定的qtl，下曲线代表相同颜色的qtl的加性效应，主效应qtl cqsl.a02-1显示在置信区间下，与角果长相关的候选基因显示在主效qtl cqsl.a02-1下；
35.图8为通过cqsl.a02-1基因位点特异性indel标记sla02-9分析的158a-sgdh群体a142-a181以及双亲158a(p1)和sgdh284(p2)的带型图；
36.图9为通过cqsl.a02-1基因位点特异性indel标记sla02-14分析的158a-sgdh群体a142-a181以及双亲158a(p1)和sgdh284(p2)的带型图；
37.图10为在cqsl.a02-1基因位点使用特异性indel标记sla02-9分析158a-sgdh群体的五个重复的角果长，标记基因型结合表型进行方差分析的结果；其中，
“‑”
表示在cqsl.a02-1位点，基因型与158a一致的家系，“+”表示在cqsl.a02-1位点，基因型与sgdh284一致的家系；角果长统计的为平均值
±
s.e.m。**表示p《0.01，***表示p《0.001；
38.图11为在cqsl.a02-1基因位点使用特异性indel标记sla02-14分析158a-sgdh群体的五个重复的角果长，标记基因型结合表型进行方差分析的结果，其中，
“‑”
表示在cqsl.a02-1位点，基因型与158a一致的家系，“+”表示在cqsl.a02-1位点，基因型与sgdh284一致的家系；角果长统计的为平均值
±
s.e.m。**表示p《0.01，***表示p《0.001。
具体实施方式
39.为了更好地理解本发明，下面结合实施例进一步阐明本发明的内容，但本发明的内容不仅仅局限于下面的实施例。
40.除非特别指明，否则基本上按照本领域内熟知的以及在各种参考文献中描述的常规方法进行实施例中描述的实验和方法。例如，本发明中所使用的免疫学、生物化学、化学、分子生物学、微生物学、细胞生物学、基因组学和重组dna等常规技术，可参见萨姆布鲁克(sambrook)、弗里奇(fritsch)和马尼亚蒂斯(maniatis)，《分子克隆：实验室手册》(molecular cloning:a laboratory manual)，第2次编辑(1989)；《当代分子生物学实验手册》(current protocols in molecular biology)(f.m.奥苏贝尔(f.m.ausubel)等人编辑，(1987))；《酶学方法》(methods in enzymology)系列(学术出版公司)：《pcr2：实用方法》(pcr2:a practical approach)(m.j.麦克弗森(m.j.macpherson)、b.d.黑姆斯(b.d.hames)和g.r.泰勒(g.r.taylor)编辑(1995))，以及《动物细胞培养》(animal cell culture)(r.i.弗雷谢尼(r.i.freshney)编辑(1987))。
41.另外，实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。本领域技术人员知晓，实施例以举例方式描述本发明，且不意欲限制本发明所要求保护的范围。本文中全部公开案和其他参考资料以其全文通过引用合并入本文。
42.本发明利用的双亲材料158a和sgdh284，是前期利用小孢子培养技术，分别通过对生产中推广的半冬性材料中油9988和欧洲高含油量品种冬性材料sollux进行小孢子培养并加倍获得的dh纯系(ke et al 2020)。158a材料的角果长为7.13
±
0.01cm，而sgdh284的角果长为4.20
±
0.02cm，二者角果长差异达到极显著水平。利用158a作为母本，sgdh284作为父本，进行杂交获得f1世代。取f1世代的花药进行小孢子培养，并利用秋水仙素加倍，进而获得dh群体，本研究中将其命名为158a-sgdh群体。图1为本发明构建dh群体、表型鉴定、图谱构建、qtl定位、主效qtl候选基因鉴定以及主效qtl区间分子标记开发鉴定应用的技术流程图。
43.实施例1 158a-sgdh群体的角果长表型分析
44.基于角果长差异显著的双亲材料158a和sgdh284(图2)，成功构建的158a-sgdh群体之后，在冬油菜环境下(安徽凤阳)：本研究于2019年10月21日将该群体种植了三个重复(fy19.1、fy19.2和fy19.3)；然后2020年6月份收获之后调查了其中两个重复(fy19.1和fy19.2)的角果长表型。并于2020年10月15日继续种植了该群体两个重复(fy20.1、fy20.2)，于2021年6月份收获之后继续调查该群体两个重复的角果长表型(表1)。因此，通过两年的表型鉴定，共收集到了4个重复的角果长表型数据(图3)。而且基于两年四重复的角果长数据，考虑到不同年份环境的影响，本研究通过统计计算得到了该群体的角果长的最佳线性无偏估计(blue)值，并将其作为其中的一个重复进行后续的分析，因此，共计获得
5个重复的角果长表型数据，角果长表型频率分布图如图3所示。由图3可以看出，158a-sgdh群体两年四重复的角果长数据及角果长的blue值均呈现正态分布的趋势，表明角果长是多基因控制的数量性状。进而分析了以上两个年度158a-sgdh群体4个重复，加上角果长的blue值，共计五组角果长数据的相关性，结果如图4所示。由图4可以发现，5组角果长数据的相关性均达到极显著相关水平，说明各重复间的角果长表型可以用于下一步的角果长qtl检测。
45.表1 158a-sgdh群体及其亲本角果长的表型变异
[0046][0047]
通过t检验显著性水平。“***”表示p《0.001，差异极显著。a平均值
±
sem，sem表示平均值的标准误差。
[0048]
实施例2 158a-sgdh群体的遗传图谱构建
[0049]
将158a-sgdh群体共计178份材料样品及双亲样品送往上海派森诺生物科技股份有限公司进行简化基因组测序。经过简化基因组测序总共生成了360.87gb的数据。其中q20质量平均分98.69％以上，gc含量约39.09％。dh群体样品测不少于1g的数据量，每个株系的平均测序深度为1.70倍。双亲158a和sgdh284分别获得5,064,588,459bp和5,362,611,753bp的序列，测序深度分别为3.67倍和4.19倍。
[0050]
158a-sgdh群体的遗传图谱是经过简化基因组测序，通过分析筛选一共得到946690个snp。为了构建遗传图谱，对得到946690个snp进一步过滤，主要过滤条件如下：
[0051]
(1)亲本基因型：保留在两个亲本中纯合并且亲本间不一致的位点；
[0052]
(2)测序深度：保留子代的测序深度》2的位点；
[0053]
(3)缺失率：保留子代的缺失率《0.5的位点；
[0054]
最终筛选出13395个bin marker，转换基因型格式，整理成的mstmap软件的输入文件格式。利用软件mstmap进行连锁群的分群，并绘制连锁群，最终共有2777个bin marker被锚定到19条连锁群中，连锁群的总长度为3268.01cm，标记平均间距为1.18cm(图5)。
[0055]
实施例3 158a-sgdh群体的角果长qtl位点定位
[0056]
利用winqtlcart 2.5软件的复合区间作图的标准模型(model 6)进行qtl分析。角果长的表型数据为178个品系的表型值，两年内重复四次。同时，基于该数据进行分析获得角果长blue值，将其作为一个重复，因此，共有5个重复的数据。通过qtl分析，共检测到26个角果长的qtl(表2)。单个qtl解释的表型变异比例为4.46％～16.44％。鉴定出的qtls分布在8个连锁群中，不同实验中qtls的置信区间(cis)重叠。在26个qtl中，20个可以通过元分析整合成8个可重复的共定位qtl，分别命名为cqsl.a01-1，cqsl.a02-1，cqsl.a04-1，cqsl.a05-1，cqsl.a06-1，cqsl.c05-1，cqsl.c06-1和cqsl.c06-2(表2)。在这些共有的qtl
1的indel标记。本研究为cqsl.a02-1基因位点设计筛选出两个具有亲本多态性和强条带模式的indel标记是sla02-9及sla02-14。扩增分子标记sla02-9的引物序列为sla02-9f(seq id no：1)和sla02-9r：(seq id no：2)；扩增分子标记sla02-14的引物序列为sla02-14f(seq id no：3)和sla02-14r(seq id no：4)。本研究分别用sla02-9及sla02-14标记分析了dh群体38个株系以及分析双亲158a(p1)和sgdh284(p2)，图8和图9分别展示的是利用sla02-9、sla02-14标记检测鉴定158a-sgdh群体家系编号为a142到a181以及双亲158a(p1)和sgdh284(p2)的检测结果。为了验证该标记的应用情况，本研究使用indel标记sla02-9及sla02-14在cqsl.a02-1基因位点分析了158a-sgdh所有群体的四个重复及blue的角果长。
[0067]
针对cqsl.a02-1位点，检测完158a-sgdh群体共计178份材料之后，通过sla02-9及sla02-14标记基因型结合两年4个重复的角果长表型以及blue值进行方差分析，结果如图10、图11。针对cqsl.a02-1位点，基因型与158a一致的家系和基因型与sgdh284一致的家系，角果长差异水平达显著差异水平。
[0068]
试验如下：
[0069]
1.检测样品的dna提取
[0070]
采用ctab法进行dna的提取，试剂及步骤如下(参考doyle et al；1987)：
[0071]
1.1试剂的配制
[0072]
(1)tris-hcl(1.0m,ph＝8.0)：60.58g tris-base和21ml浓hcl加ddh2o定容至500ml；
[0073]
(2)edta(0.5m,ph＝8.0)：186g edta和25g naoh(颗粒)加ddh2o定容至1l；
[0074]
(3)2％ctab：81.9g nacl、100ml 1.0m tris-hcl(ph＝8.0)、40ml 0.5m edta(ph＝8.0)、20g ctab，加ddh2o定容至1l，灭菌后即可用于dna的提取；
[0075]
(4)5m nh4ac：385.4g nh4ac加ddh2o定容至1l；
[0076]
(5)76％ethanol(含10mm nh4ac)：760ml无水乙醇和2ml 5m nh4ac，加ddh2o定容至1l；
[0077]
(6)3m naac(ph＝5.2)：246.09g naac加ddh2o和hac定容至1l，并用hac调ph值至5.2；
[0078]
(7)三氯甲烷-异戊醇混合试剂(v/v＝24:1)：吸取21ml异戊醇加到500ml三氯甲烷中混匀。
[0079]
1.2ctab法提取dna步骤：
[0080]
1)用写好编号的2ml离心管取少量幼嫩叶片(室内发芽的幼苗取子叶)放在-20℃冰柜冷冻备用；
[0081]
2)磨样：
[0082]
取出离心管后置于冰上，打开盖子加入干净钢珠，同时加入100μl ctab，盖好后置于磨样机适配器中(28times/s，30s)，磨碎后取出离心管，打开盖子，倒出钢珠，再加入300μl ctab。(磨样机使用时严格按照使用说明，注意平衡对称)
[0083]
3)将离心管置于离心盒板上，在55℃～60℃的水浴锅中水浴50min～60min，每10min轻轻摇晃一次，水浴完后放置于通风厨中室温冷却(大约30min～60min)；
[0084]
4)加入等体积(400μl)的24:1溶液于管中，轻轻摇晃10min后，12000rpm离心10min；
[0085]
5)吸取上清夜(200μl)转至与原编号相同的1.5ml离心管(预先加入上清液1/10体积的3m naac)，加入两倍体积冰冻的无水乙醇(-20℃冰箱过夜)，静置20min～30min；
[0086]
6)若dna团状物较大则可直接用枪头挑出dna，倒出乙醇，若dna量少则盖好盖子，8000rpm离心2min后开盖子倒酒精；
[0087]
7)随后加入76％乙醇洗涤沉淀(可过夜)，偶尔转动，重复1～2次；
[0088]
8)轻轻倒出酒精，将dna放置于管底，室温下吹干，加入te或ddh2o溶解，37℃恒温箱中放置1h后摇匀即可。长期保存请置于-20℃冰柜。
[0089]
1.3扩增体系及程序：
[0090]
pcr反应体系(10μl体系)如下：
[0091][0092]
1.4扩增程序：
[0093]
94℃预变性3min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸45s，35个循环；72℃延伸10min；4℃5min。
[0094]
1.5 6％page电泳检测：
[0095]
1)试剂配制：
[0096]5×
tbe：tris-base 107.8g、edta 7.44g、硼酸55.0g，用超纯水定容至2l；
[0097]
6％page：5
×
tbe 200ml、丙烯酰胺114g、甲叉丙烯酰胺6g，用ddh2o定容至2l，双层滤纸过滤备用；
[0098]
10％过硫酸氨(ap)：过硫酸氨10g，加超纯水定容至100ml；
[0099]
银染液：1.5g硝酸银溶于1.5l dh2o；
[0100]
显影液：0.6g碳酸钠和30g氢氧化钠溶于1.5l dh2o中，显影时在通风橱中加入1ml甲醛混匀即可使用；
[0101]
2)凝胶制备：
[0102]
长玻璃使用前要用洗洁精洗干净后晾干备用；
[0103]
用无水乙醇分别擦拭长、短玻璃后，晾至乙醇挥发；
[0104]
将两玻璃用封条装好，放到电泳槽中，拧动螺帽调节松紧度，并用琼脂进行封边处理；
[0105]
在烧杯中倒入约30ml的6％page，再分别加入300μl ap及30μl temed，快速搅拌均匀；
[0106]
干净利落地将page胶灌入两玻璃间，适当轻敲玻璃以防产生气泡。然后将干净的梳子背部插入两玻璃间；一般20min～30min后即可电泳。
[0107]
3)电泳：
[0108]
电泳前将玻璃板上的碎胶用移液枪吸取缓冲液冲洗干净，小心取下梳子后架上电泳槽进行预电泳。预电泳结束，在玻璃中插入点样用梳子进行点样。以功率80w电泳至需要
analysis of silique-traits in brassica napus l.by quantitative trait locus mapping.theor.appl.genet.2011,122,21-31.
[0126]
3.yang,p.；shu,c.；chen,l.；xu,j.；wu,j.；liu,k.identification of a major qtl for silique length and seed weight in oilseed rape(brassica napus l.).theor.appl.genet.2012,125,285-296.
[0127]
4.cai,d.；xiao,y.；yang,w.；ye,w.；wang,b.；younas,m.；wu,j.；liu,k.association mapping of six yield-related traits in rapeseed(brassica napus l.).theor.appl.genet.2014,127,85-96.
[0128]
5.qi,l.；mao,l.；sun,c.；pu,y.；fu,t.；ma,c.；shen,j.；tu,j.；yi,b.；wen,j.interpreting the genetic basis of silique traits in brassica napus using a joint qtl network,plant breed.2014,133:52-60.
[0129]
6.fu,y.；wei,d.；dong,h.；he,y.；cui,y.；mei,j.；wan,h.；li,j.；snowdon,r.；friedt,w.；li,x.；qian,w.comparative quantitative trait loci for silique length and seed weight in brassica napus.sci.rep.2015,5,14407.
[0130]
7.wang,x.；chen,l.；wang,a.；wang,h.；tian,j.；zhao,x.；chao,h.；zhao,y.；zhao,w.；xiang,j.；gan,j.；li,m.quantitative trait loci analysis and genome-wide comparison for silique related traits in brassica napus.bmc plant biol.2016,16,71.
[0131]
8.yang,y.；shen,y.；li,s.；ge,x.；li,z.high density linkage map construction and qtl detection for three silique-related traits in orychophragmus violaceus derived brassica napus population.front.plant sci.2017,8,1512.
[0132]
9.dong,h.；tan,c.；li,y.；he,y.；wei,s.；cui,y.；chen,y.；wei,d.；fu,y.；he,y.et al.genome-wide association study reveals both overlapping and independent genetic loci to control seed weight and silique length in brassica napus.front.plant sci.2018,9,921.
[0133]
10.liu,j.；hua,w.；hu,z.；yang,h.；zhang,l.；li,r.；deng,l.；sun,x.；wang,x.；wang,h.natural variation in arf18 gene simultaneously affects seed weight and silique length in polyploid rapeseed.proc.natl.acad.sci.usa 2015,112,5123-5132.
[0134]
11.deng,c.；liu,h.；yao,y.；guo,s.；xiao,l.；fu,z.；du,d.qtl analysis of four yield-related traits for brassica napus l.in multiple environments.mol.breed.2019,39:166.
[0135]
12.shen,w.；qin,p.；yan,m.；li,b.；wu,z.；wen,j.；yi,b.；ma,c.；shen,j.；fu,t.；tu,j.fine mapping of a silique length-and seed weight-related gene in brassica napus.theor.appl.genet.2019,132,2985-2996.
[0136]
13.wang,h.；zaman,q.u.；huang,w.；mei,d.；liu,j.；wang,w.；ding,b.；hao,m.；fu,l.；cheng,h.；hu,q.qtl and candidate gene identification for silique length based on high-dense genetic map in brassica napus l.front.plant sci.2019,10,
1579.
[0137]
14.shi,l.；song,j.；guo,c.；wang,b.；guan,z.；yang,p.；chen,x.；zhang,q.；king,g.j.；wang,j.；liu,k.a cacta-like transposable element in the upstream region of bnaa9.cyp78a9 acts as an enhancer to increase silique length and seed weight in rapeseed.plant j.2019,98,524-539.
[0138]
15.ke,l.；lei,w.；yang,w.；wang,j.；gao,j.；cheng,j.；sun,y.；fan,z.；yu,d.genome-wide identification of cold responsive transcription factors in brassica napus l.bmc plant biol.2020,20,62.
[0139]
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

技术特征：
1.与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记为indel分子标记，命名为sla02-9、sla02-14；其中，所述sla02-9的核苷酸序列如seq id no.5所示，所述sla02-14的核苷酸序列如seq id no.6所示。2.根据权利要求1所述的与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述qtl位点位于甘蓝型油菜的a02染色体的第4857159位碱基～5262658位碱基之间，命名为cqsl.a02-1，对甘蓝型油菜角果长性状的贡献率为11.32％～16.44％。3.根据权利要求1或2所述的与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述sla02-9位于甘蓝型油菜的a02染色体的第5081412位碱基～5081541位碱基之间，所述sla02-14位于甘蓝型油菜的a02染色体的第5303686位碱基～5303805位碱基之间。4.一种引物组，其特征在于，用于扩增权利要求1～2任一所述的indel分子标记。5.根据权利要求4所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括用于扩增分子标记sla02-9的正向引物和反向引物，和用于扩增分子标记的sla02-14的正向引物和反向引物。6.根据权利要求5所述的引物组，其特征在于，所述用于扩增分子标记sla02-9的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如seq id no.1～seq id no.2所示；所述用于扩增分子标记sla02-14的正向引物和反向引物分别如seq id no.3～seq id no.4所示。7.一种权利要求1～3任一所述indel分子标记的应用，其特征在于，所述应用包括但不限于筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、辅助甘蓝型油菜的育种。8.一种权利要求4～6任一所述的引物组的应用，其特征在于，所述应用包括但不限于筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种。9.一种筛选甘蓝型油菜长角果品种的方法，其特征在于，所述方法包括：以待测甘蓝型油菜样品的基因组dna为模板，利用权利要求4～6任一所述的引物组进行pcr扩增，对扩增产物进行电泳检测，根据电泳结果判断甘蓝型油菜角果品种。10.根据权利要求9所述的筛选甘蓝型油菜长角果品种的方法，其特征在于，所述根据电泳结果判断的判定标准为：若sla02-9和sla02-14分别在123bp、119bp均无扩增条带，则待测甘蓝型油菜样品为长角果品种，若sla02-9和sla02-14分别在123bp、119bp均有扩增条带，则待测甘蓝型油菜样品为短角果品种。

技术总结
本发明提供了一种与甘蓝型油菜角果长性状的主效QTL位点紧密连锁的分子标记及应用，属于分子生物学及油菜育种技术领域。本发明的分子标记为InDel分子标记，命名为SLA02-9、SLA02-14；其中，所述SLA02-9的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，所述SLA02-14的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。本发明为甘蓝型油菜角果长育种改良提供了优良的分子标记，通过分子标记辅助选择选育长角果材料进而可培育出高产油菜，具有准确性好、效率高、性价比高的优点，将有助于油菜角果长相关基因的克隆、角果长相关基因功能标记的开发。关基因功能标记的开发。关基因功能标记的开发。


技术研发人员：陈磊 刘念 王红娟 余育林 雷伟侠 范志雄 程昕昕
受保护的技术使用者：绵阳市农业科学研究院
技术研发日：2023.08.15
技术公布日：2023/10/15