一种位于3号染色体上的肿瘤标记物及其在检测肿瘤中的应用的制作方法

一种位于3号染色体上的肿瘤标记物及其在检测肿瘤中的应用
1.本技术是申请号为cn202011608940.0、申请日为2020年12月30日、发明名称为“肿瘤标记物及其应用”的分案申请。
技术领域
2.本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种位于3号染色体上的肿瘤标记物及其在检测肿瘤中的应用。


背景技术：

3.肿瘤的发生发展是一个复杂、多层面、多因素的动态过程，包含了外界环境、遗传学变异以及表观遗传学改变等多种因素的相互作用。外界环境因素包括物理、化学、生物等致癌因素以及不健康的生活习惯等；遗传学变异包括基因突变、拷贝数变化、染色体错位等；表观遗传学改变主要包括dna甲基化、组蛋白修饰、非编码rna等变化因素。在肿瘤的发生发展过程中，上述因素相辅相成，共同作用，导致一系列抑癌基因的失活以及原癌基因的激活，进而导致肿瘤。及时得发现并诊断在肿瘤治疗中具有重要意义。
4.随着人们对肿瘤认识的加深以及科学技术的进步，许多新型的肿瘤标记物被发现并用于临床诊断。1980年之前，肿瘤标记物主要是一些激素、酶类、蛋白质等细胞分泌物，例如癌胚抗原(cea)、甲胎抗原(afp)等可以作为胃癌和肝癌等多种肿瘤的标记物。目前这一类肿瘤标记物虽然临床仍在用，但其敏感性与准确性已难以满足现在的临床需求。现在基于突变的标记物也越来越多，如肿瘤抑制因子p53的突变、brca基因突变、结直肠癌中的微卫星不稳定等，然而这类标记物在早期肿瘤的发现和诊断中效果不太理想。利用基于dna甲基化的标记物可以在肿瘤发展的早期就可以将其诊断出来。
5.表观遗传学(epigenomics)是研究基因在不发生dna序列改变的情况下，基因功能的可遗传的变化，并最终导致表型变化的一门学科。表观遗传学主要包括dna甲基化(dna methylation)、组蛋白修饰(histone modification)、microrna水平变化等生化过程。dna甲基化是研究较为深入的表观遗传学机制，在包括诊断和治疗在内的肿瘤临床实践中有着应用前景。dna甲基化是指生物体内在dna甲基转移酶(dna methyltransferase，dmt)的催化下，以s-腺苷甲硫氨酸(sam)为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程。在哺乳动物中dna甲基化主要发生在5
’‑
cpg-3’的c上，生成5-甲基胞嘧啶(5mc)。
6.在正常细胞中，一些cpg处于高度甲基化/转录沉默的状态，而在肿瘤细胞中这些cpg发生了广泛的去甲基化，导致重复序列的转录、转座子的活化，使得基因组高度不稳定和原癌基因转录增强。此外，一些原本在正常细胞中处于低甲基化状态的cpg岛在肿瘤细胞中会发生高甲基化，从而导致基因的转录失活，受影响的基因包括dna修复基因、细胞周期控制基因和抗凋亡基因等。基因组dna经亚硫酸氢盐处理后，通过pcr或测序等方式可以有效地确定特定位点的甲基化状态。利用上述技术，这些异常的dna甲基化状态，可以在肿瘤发生的早期就被检测到。
7.人类基因组全序列尽管已经被人们所掌握，但是基因组序列纷繁复杂，哪些基因或哪些区段与疾病密切相关，仍然不是很清楚。此外，由于肿瘤本身的复杂性，使得寻找到既敏感又特异的肿瘤标记物变得更加困难。在本发明中，发明人通过利用大量数据并结合更优化的方法，寻找出更精准的肿瘤标记物，为肿瘤的诊断提供更多的途径。


技术实现要素：

8.本发明克服现有技术的缺陷，提供了一类dna表观修饰相关的肿瘤标记物，标记物在肿瘤患者中表现出显著性的高甲基化状态。
9.本发明的第一个方面，提供了一种肿瘤标记物，所述肿瘤标记物位于人类基因组1号染色体、2号染色体、3号染色体、5号染色体、7号染色体、8号染色体、10号染色体、11号染色体和21号染色体上，且包括一个或多个可发生甲基化修饰的cpg位点。
10.优选的，所述肿瘤标记物位于3号染色体上，所述肿瘤标记物包括位于人类基因组hg19上(坐标从0开始)chr3:147114032-147114108区域。
11.优选的，所述chr3:147114032-147114108区域选自以下组中的至少一种：a)seq id no.1所示的碱基序列；b)seq id no.1所示的碱基序列的互补序列；c)与seq id no.1至少70％同源性的核苷酸序列或其核苷酸序列的互补序列。
12.优选的，所述肿瘤标记物包括作为乳腺癌、宫颈癌、食管癌、头颈部癌、肺癌和胰腺癌中的一种或几种的标记物。
13.优选的，所述肿瘤标记物还包括作为膀胱癌、胆管癌、结肠癌、胶质母细胞瘤、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌中的一种或几种的标记物。
14.优选的，所述甲基化修饰包括5-醛甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。
15.优选的，所述肿瘤标记物还包括位于人类基因组hg19上(坐标从0开始)chr2:105459135-105459190、chr10:124902392-124902455、chr3:157812331-157812498、chr21:38378275-38378539、chr8:97170353-97170404、chr5:134880362-134880455、chr10:94835119-94835252、chr11:31826557-31826963、chr10:50819227-50819589、chr2:66809255-66809281、chr7:97361393-97361461、chr8:70984200-70984294、chr1:6515341-6515409区域的一种或多种。
16.优选的，上述区域均各自选自以下组中的至少一种：a)表1中所示的碱基序列；b)所示的碱基序列的互补序列；c)与所示的碱基序列至少70％同源性的核苷酸序列或其核苷酸序列的互补序列。
17.上述各区域的靶序列及其反向互补序列如下表1所示。其中，加粗倾斜字体表示cpg位点，着重号下边的数字表示该检测位点的编号。
18.表1
[0019][0020]
[0021][0022]
本发明的第二个方面，提供了本发明所述的肿瘤标记物的应用，所述应用选自以下应用中的一种：所述肿瘤标记物在制备肿瘤的筛选试剂、预后试剂、检测试剂或诊断试剂中的应用；所述肿瘤标记物在作为肿瘤的药物靶点中的应用；所述肿瘤标记物在制备抑制肿瘤增生的药物中应用；检测所述肿瘤标记物cpg位点甲基化水平的试剂在制备检测肿瘤的试剂中的应用。其中，所述cpg位点如上表1所示。
[0023]
优选的，所述肿瘤包括：膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌(食管癌)、胶质母细胞瘤、头颈部癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺癌(肺腺癌)、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌、乳腺癌；进一步优选的，所述肿瘤包括：乳腺癌、宫颈癌、食管癌、头颈部癌、肺癌、胰腺癌。具体地，例如seq id no.1或其反义互补序列可作为标记物的肿瘤包括：乳腺癌、宫颈癌、食管癌、头颈部癌、肺癌、胰腺癌。
[0024]
优选的，在上述应用中，所述检测试剂为肿瘤标记物检测试剂盒，其包括特异性检测所述肿瘤标记物的引物或探针；和/或，所述抑制肿瘤增生的药物为所述肿瘤标记物的抑制剂。进一步优选的，所述引物或探针为特异性检测所述肿瘤标记物cpg位点甲基化的引物或探针；所述抑制剂为甲基化抑制剂。
[0025]
本发明的第三个方面，提供了一种抑制肿瘤增生的药物，所述药物包含本发明所述的肿瘤标记物的抑制剂。优选的，所述抑制剂为甲基化抑制剂；进一步优选的，所述抑制剂为抑制上表1中的一种或多种cpg位点甲基化的抑制剂。上述药物还可包括药学上可接受的载体。
[0026]
本发明的第四个方面，提供了一种肿瘤标记物的检测方法，包括以下步骤：s1、获
取待检测组织样本；s2、抽提待检测组织样本dna，获取样本的甲基化值；s3、计算出在所述肿瘤标记物序列区域内的每个cpg位点的甲基化情况或整个区域的平均甲基化情况。
[0027]
优选的，步骤s2中获取样本的甲基化值的方法包括测序、探针、抗体、质谱等。
[0028]
本发明的第五个方面，提供了一种肿瘤标记物检测试剂盒，包括特异性检测本发明所述的肿瘤标记物的引物或探针。优选的，所述特异性检测肿瘤标记物包括特异性检测所述肿瘤标记物的cpg位点的甲基化；其中，所述肿瘤标记物的cpg位点的甲基化为5-甲基化，包括5-醛甲基化、5-羟甲基化或5-羧甲基化。
[0029]
本发明相对于现有技术具有如下优点：本发明提供了一类dna表观修饰相关的肿瘤标记物，所述标记物在肿瘤患者中表现出显著性的高甲基化状态。所述肿瘤标记物可用于肿瘤的临床辅助的筛查、诊断以及预后等，或可用于设计诊断试剂及试剂盒等等。
附图说明
[0030]
此处所说明的附图用来提供对本发明的进一步理解，构成本发明的一部分，本发明的示意性实施例及其说明仅用于解释本发明，并不构成对本发明的不当限定。在附图中：
[0031]
图1为本发明一实施例2中的chr2:105459135-105459190区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0032]
图2为本发明一实施例2中的chr3:157812331-157812498区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0033]
图3为本发明一实施例2中的chr21:38378275-38378539区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0034]
图4为本发明一实施例2中的chr8:97170353-97170404区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0035]
图5为本发明一实施例2中的chr5:134880362-134880455区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0036]
图6为本发明一实施例2中的chr11:31826557-31826963区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0037]
图7为本发明一实施例2中的chr10:50819227-50819589区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0038]
图8为本发明一实施例2中的chr7:97361393-97361461区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0039]
图9为本发明一实施例2中的chr8:70984200-70984294区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值图；
[0040]
图10为本发明一实施例3中的14个区域靶序列在不同肿瘤细胞系上的平均甲基化值热图；
[0041]
图11为本发明一实施例4中的chr2:105459135-105459190区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0042]
图12为本发明一实施例5中的chr10:124902392-124902455区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0043]
图13为本发明一实施例6中的chr3:157812331-157812498区域靶序列在六种肿瘤
中的平均甲基化值分布及roc图；
[0044]
图14为本发明一实施例7中的chr21:38378275-38378539区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0045]
图15为本发明一实施例8中的chr8:97170353-97170404区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0046]
图16为本发明一实施例9中的chr5:134880362-134880455区域靶序列在五种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0047]
图17为本发明一实施例10中的chr10:94835119-94835252区域靶序列在五种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0048]
图18为本发明一实施例11中的chr11:31826557-31826963区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0049]
图19为本发明一实施例12中的chr3:147114032-147114108区域靶序列(seq id no.1)在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0050]
图20为本发明一实施例13中的chr10:50819227-50819589区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0051]
图21为本发明一实施例14中的chr2:66809255-66809281区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0052]
图22为本发明一实施例15中的chr7:97361393-97361461区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0053]
图23为本发明一实施例16中的chr8:70984200-70984294区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图；
[0054]
图24为本发明一实施例17中的chr1:6515341-6515409区域靶序列在六种肿瘤中的平均甲基化值分布及roc图。
具体实施方式
[0055]
下面结合附图和实施例，对本发明的具体实施方式作进一步描述。以下实施例仅用于更加清楚地说明本发明的技术方案，而不能以此来限制本发明的保护范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，按照本领域常规方法和条件，或按照商品说明书选择。
[0056]
下述实施例中验证的靶序列的具体序列信息如上表1所示。
[0057]
实施例1-甲基化水平检测
[0058]
采用rrbs(reduced representation bisulfite sequencing)、wgbs(whole genome bisulfite sequencing)等甲基化检测方法，主要步骤如下：获取样本：选择肿瘤细胞系，或者从临床获取癌症组织和癌旁正常组织；采用dna提取试剂盒提取样本的dna；将抽提的dna进行全基因组测序；测序后将序列比对到靶序列上，计算出靶序列区域内的每个cpg位点的甲基化情况。计算靶序列中被测序到的cpg位点的平均甲基化值，作为此靶序列在该样本在上的平均甲基化值。靶序列信息详见上述表1。
[0059]
实施例2-tcga数据库中的甲基化芯片数据验证14个区域的靶序列
[0060]
2.1、靶序列及数据库
[0061]
验证的14个区域的靶序列如表1所示。使用tcga数据库，在tcga数据库中收集了20
余种肿瘤类型的癌症组织及其癌旁正常组织的dna甲基化芯片数据，这些肿瘤类型包括：膀胱癌(blca)、宫颈癌(cesc)、胆管癌(chol)、结肠癌(coadread)、食道癌(esca)、胶质母细胞瘤(gbm)、头颈部鳞状细胞癌(hnsc)、肾透明细胞癌(kirc)、乳头状肾细胞癌(kirp)、肝癌(lihc)、肺腺癌(lung)、胰腺癌(paad)、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(pcpg)、前列腺癌(prad)、肉瘤(sarc)、黑色素瘤(skcm)、胃腺癌(stad)、甲状腺癌(thca)、胸腺癌(thym)、子宫内膜癌(ucec)。
[0062]
2.2、获取每个靶序列包含的探针数量，结果如表3所示；
[0063]
表3每个靶序列包含的探针数量
[0064]
区域靶序列探针数量区域靶序列探针数量chr2:105459135-1054591901chr11:31826557-318269631chr10:124902392-1249024550chr3:147114032-1471141080chr3:157812331-1578124981chr10:50819227-508195891chr21:38378275-383785392chr2:66809255-668092810chr8:97170353-971704041chr7:97361393-973614611chr5:134880362-1348804551chr8:70984200-709842942chr10:94835119-948352520chr1:6515341-65154090
[0065]
2.3、按照实施例1的方法计算在这个靶序列内所有探针在所有的癌症样本、正常组织样本的平均甲基化值。结果如图1-图9所示。样本命名方式为：癌症英文名_c或n(数字)，其中c表示肿瘤组织、n表示正常组织、数字表示样本量。
[0066]
图1为chr2:105459135-105459190区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肺腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌17种癌症中的平均甲基化值均明显高于正常样本的平均甲基化值。
[0067]
图2为chr3:157812331-157812498区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌20种癌症中的平均甲基化值均高于正常样本的平均甲基化值。
[0068]
图3为chr21:38378275-38378539区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌19种癌症中的平均甲基化值均明显高于正常样本的平均甲基化值。上述靶序列在嗜铬细胞瘤和副神经节瘤中的平均甲基化值与正常样本的平均甲基化值几乎无差别。
[0069]
图4为chr8:97170353-97170404区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌19种癌症中的平均甲基化值均明显高于正常样本的平均
甲基化值。上述靶序列在嗜铬细胞瘤和副神经节瘤中的平均甲基化值低于正常样本的平均甲基化值。
[0070]
图5为chr5:134880362-134880455区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌18种癌症中的平均甲基化值均明显高于正常样本的平均甲基化值。上述靶序列在胶质母细胞瘤、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤中的平均甲基化值低于正常样本的平均甲基化值。
[0071]
图6为chr11:31826557-31826963区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌19种癌症中的平均甲基化值均明显高于正常样本的平均甲基化值。上述靶序列在嗜铬细胞瘤和副神经节瘤中的平均甲基化值低于正常样本的平均甲基化值。
[0072]
图7为chr10:50819227-50819589区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌20种癌症中的平均甲基化值均高于正常样本的平均甲基化值。
[0073]
图8为chr7:97361393-97361461区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌20种癌症中的平均甲基化值均高于正常样本的平均甲基化值。
[0074]
图9为chr8:70984200-70984294区域靶序列在tcga数据库中的平均甲基化值，可见，上述靶序列在膀胱癌、宫颈癌、胆管癌、结肠癌、食道癌、胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌20种癌症中的平均甲基化值均高于正常样本的平均甲基化值。
[0075]
可以看出，在上述绝大数肿瘤类型中，上述验证的靶序列在肿瘤样本的平均甲基化值要高于在正常组织中的平均甲基化值。
[0076]
实施例3-14个区域靶序列在肿瘤细胞系的甲基化水平
[0077]
收集11种肿瘤细胞系样本，分别为：胆管癌、乳腺癌、结直肠癌、胆囊癌、肾癌、白血病、肝癌、肺癌、胰腺癌、前列腺癌和胃癌。根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术获得14个靶序列在各个样本上的平均甲基化值。结果如图10。图中白色表示未检测到或测序质量不达标，颜色越深表示平均甲基化值越高。可见，chr2:105459135-105459190、chr10:124902392-124902455、chr3:157812331-157812498、chr21:38378275-38378539、chr8:97170353-97170404、chr11:31826557-31826963、chr3:147114032-147114108(seq id no.1)、chr7:97361393-97361461、chr8:70984200-70984294区域的靶序列的甲基化情况在
11种肿瘤细胞系中都可以被检测到，且在11种肿瘤细胞系中的平均甲基化值都很高。chr5:134880362-134880455、chr10:94835119-94835252、chr10:50819227-50819589、chr2:66809255-66809281和chr1:6515341-6515409区域的靶序列的甲基化情况仅在部分肿瘤细胞系中被检测到。
[0078]
实施例4-chr2:105459135-105459190区域靶序列在临床检测中的应用
[0079]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织3例，癌旁正常组织1例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)和胰腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)。
[0080]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr2:105459135-105459190区域靶序列在这26个肿瘤组织、26个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图11所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在6种肿瘤中，chr2:105459135-105459190区域靶序列在肿瘤样本中的平均甲基化值均高于癌旁正常组织。根据样本在chr2:105459135-105459190区域靶序列上的平均甲基化值，可以准确的将肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0081]
实施例5-chr10:124902392-124902455区域靶序列在临床检测中的应用
[0082]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织3例，癌旁正常组织1例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)和胰腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)。
[0083]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr10:124902392-124902455区域靶序列在这25个肿瘤组织、26个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图12所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在6种肿瘤中，chr10:124902392-124902455区域靶序列在肿瘤样本中的平均甲基化值均高于癌旁正常组织。根据样本在chr10:124902392-124902455区域靶序列上的平均甲基化值，可以准确的将肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0084]
实施例6-chr3:157812331-157812498区域靶序列在临床检测中的应用
[0085]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织5例，癌旁正常组织4例)、头颈部癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织2例)和胰腺癌(癌症组织2例，癌旁正常组织2例)。
[0086]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr3:157812331-157812498区域靶序列在这26个肿瘤组织、23个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图13所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在5种肿瘤中，chr3:157812331-157812498区域靶序列在肿瘤样本中的平均甲基化值均高于癌旁正常组织；在食管癌中，大部分的肿瘤样本的平均甲基化值要高于癌旁正常组织的平均甲基化值，根据样本在chr3:157812331-157812498区域靶序列上的平均甲基化值，可以准确的将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0087]
实施例7-chr21:38378275-38378539区域靶序列在临床检测中的应用
[0088]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织4例)、宫颈癌(癌症组织5例，癌旁正常组织2例)、食管癌(癌症组织5例，癌旁正常组织4例)、头颈部癌(癌症组织2例，癌旁正常组织4例)、肺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)和胰腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)。
[0089]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr21:38378275-38378539区域靶序列在这26个肿瘤组织、24个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图14所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、头颈部癌样本和食管癌样本中chr21:38378275-38378539区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在食管癌样本、宫颈癌样本和肺癌样本中，chr21:38378275-38378539区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr21:38378275-38378539区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0090]
实施例8-chr8:97170353-97170404区域靶序列在临床检测中的应用
[0091]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织3例，癌旁正常组织4例)、食管癌(癌症组织4例，癌旁正常组织3例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织2例，癌旁正常组织2例)和胰腺癌(癌症组织3例，癌旁正常组织2例)。
[0092]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr8:97170353-97170404区域靶序列在这21个肿瘤组织、21个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图15所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特
异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、肺癌样本中chr8:97170353-97170404区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在食管癌、头颈部癌和肺癌样本中，chr8:97170353-97170404区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr8:97170353-97170404区域5靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0093]
实施例9-chr5:134880362-134880455区域靶序列在临床检测中的应用
[0094]
样本：5种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织2例，癌旁正常组织1例)、头颈部癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织3例，癌旁正常组织1例)和胰腺癌(癌症组织2例，癌旁正常组织1例)。
[0095]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr5:134880362-134880455区域靶序列在这17个肿瘤组织、13个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图16所示。图中共包含a、b、c、d、e，5组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：食管癌样本及其对照，c：头颈部癌样本及其对照，d：肺癌样本及其对照，e：胰腺癌样本及其对照。可见，在5种肿瘤中，chr5:134880362-134880455区域靶序列在肿瘤样本中的平均甲基化值均高于癌旁正常组织。根据样本在chr5:134880362-134880455区域靶序列上的平均甲基化值，可以准确的将肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0096]
实施例10-chr10:94835119-94835252区域靶序列在临床检测中的应用
[0097]
样本：5种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织4例)、宫颈癌(癌症组织2例，癌旁正常组织1例)、头颈部癌(癌症组织2例，癌旁正常组织2例)、肺癌(癌症组织3例，癌旁正常组织3例)和胰腺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)。
[0098]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr10:94835119-94835252区域靶序列在这16个肿瘤组织、15个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图17所示。图中共包含a、b、c、d、e，5组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：头颈部癌样本及其对照，d：肺癌样本及其对照，e：胰腺癌样本及其对照。可见，在5种肿瘤中，chr10:94835119-94835252区域靶序列在肿瘤样本中的平均甲基化值均高于癌旁正常组织。根据样本在chr10:94835119-94835252区域靶序列上的平均甲基化值，可以准确的将肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0099]
实施例11-chr11:31826557-31826963区域靶序列在临床检测中的应用
[0100]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正
常组织5例)、宫颈癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)和胰腺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)。
[0101]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr11:31826557-31826963区域靶序列在这26个肿瘤组织、30个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图18所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、肺癌、头颈部癌和胰腺癌样本中chr11:31826557-31826963区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在食管癌样本中，chr11:31826557-31826963区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr11:31826557-31826963区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0102]
实施例12-chr3:147114032-147114108区域靶序列(seq id no.1)在临床检测中的应用
[0103]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织5例，癌旁正常组织4例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织4例)、肺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织4例)和胰腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)。
[0104]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr3:147114032-147114108区域靶序列在这28个肿瘤组织、27个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图19所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、肺癌、头颈部癌和胰腺癌样本中chr3:147114032-147114108区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在食管癌样本中，chr3:147114032-147114108区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr3:147114032-147114108区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0105]
实施例13-chr10:50819227-50819589区域靶序列在临床检测中的应用
[0106]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织4例，癌旁正常组织3例)、食管癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织3
例)和胰腺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)。
[0107]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr10:50819227-50819589区域靶序列在这25个肿瘤组织、26个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图20所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、肺癌、头颈部癌和胰腺癌样本中chr10:50819227-50819589区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在食管癌样本中，chr10:50819227-50819589区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr10:50819227-50819589区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0108]
实施例14-chr2:66809255-66809281区域靶序列在临床检测中的应用
[0109]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织2例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织1例，癌旁正常组织3例)、头颈部癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织4例)和胰腺癌(癌症组织3例，癌旁正常组织3例)。
[0110]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr2:66809255-66809281区域靶序列在这20个肿瘤组织、25个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图21所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、肺癌、食管癌和胰腺癌样本中chr2:66809255-66809281区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在头颈部癌样本中，chr2:66809255-66809281区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr2:66809255-66809281区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0111]
实施例15-chr7:97361393-97361461区域靶序列在临床检测中的应用
[0112]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织3例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织4例，癌旁正常组织3例)、头颈部癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)和胰腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)。
[0113]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr7:97361393-97361461区域靶序列在这27个肿瘤组织、28个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图22所示。图中
共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、头颈部癌、食管癌和胰腺癌样本中chr7:97361393-97361461区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在肺癌样本中，chr7:97361393-97361461区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr7:97361393-97361461区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0114]
实施例16-chr8:70984200-70984294区域靶序列在临床检测中的应用
[0115]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织1例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织2例，癌旁正常组织1例)、头颈部癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)和胰腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)。
[0116]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr8:70984200-70984294区域靶序列在这22个肿瘤组织、26个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图23所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、头颈部癌、食管癌和胰腺癌样本中chr8:70984200-70984294区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在肺癌样本中，chr8:70984200-70984294区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr8:70984200-70984294区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0117]
实施例17-chr1:6515341-6515409区域靶序列在临床检测中的应用
[0118]
样本：6种肿瘤组织及其癌旁正常组织样本，分别为乳腺癌(癌症组织5例，癌旁正常组织5例)、宫颈癌(癌症组织3例，癌旁正常组织5例)、食管癌(癌症组织3例，癌旁正常组织1例)、头颈部癌(癌症组织4例，癌旁正常组织5例)、肺癌(癌症组织3例，癌旁正常组织3例)和胰腺癌(癌症组织2例，癌旁正常组织2例)。
[0119]
根据实施例1的方法利用rrbs甲基化测序技术分别获得chr1:6515341-6515409区域靶序列在这20个肿瘤组织、21个癌旁正常组织的平均甲基化值。结果如图24所示。图中共包含a、b、c、d、e、f，6组图片。每组图片含有2张图，其中左图表示肿瘤样本和癌症正常样本(对照)在靶序列上的平均甲基化值分布的箱线图，通过该图可以看出靶序列在肿瘤样本和正常样本中甲基化的差异；右图表示检测的roc曲线图，通过该图可以看出差异结果的特异
性。其中，a：乳腺癌样本及其对照，b：宫颈癌样本及其对照，c：食管癌样本及其对照，d：头颈部癌样本及其对照，e：肺癌样本及其对照，f：胰腺癌样本及其对照。可见，在乳腺癌样本、宫颈癌样本、头颈部癌、食管癌和肺癌样本中chr1:6515341-6515409区域靶序列的平均甲基化值均高于癌旁正常组织的平均甲基化值。在胰腺癌样本中，chr1:6515341-6515409区域靶序列的平均甲基化值大部分高于癌旁正常组织的平均甲基化值，且其平均甲基化值的均值高于癌旁正常组织的平均甲基化值的均值。根据样本在chr1:6515341-6515409区域靶序列上的平均甲基化值，可以将绝大部分肿瘤样本和癌症正常组织区分开。
[0120]
以上对本发明的具体实施例进行了详细描述，但其只作为范例，本发明并不限制于以上描述的具体实施例。对于本领域技术人员而言，任何对本发明进行的等同修改和替代也都在本发明的范畴之中。因此，在不脱离本发明的精神和范围下所作的均等变换和修改，都应涵盖在本发明的范围内。

技术特征：
1.一种肿瘤标记物，其特征在于，所述肿瘤标记物位于人类基因组3号染色体上，且包括一个或多个可发生甲基化修饰的cpg位点；其中，所述肿瘤标记物包括以人类基因组hg19作为参考版本位于chr3:147114032-147114108区域。2.根据权利要求1所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述肿瘤标记物包括作为乳腺癌、宫颈癌、食管癌、头颈部癌、肺癌和胰腺癌中的一种或几种的标记物。3.根据权利要求2所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述肿瘤标记物还包括作为膀胱癌、胆管癌、结肠癌、胶质母细胞瘤、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌中的一种或几种的标记物。4.根据权利要求1所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述甲基化修饰包括5-醛甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。5.根据权利要求1所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述chr3:147114032-147114108区域选自以下组中的至少一种：a)seq id no.1所示的碱基序列；b)seq id no.1所示的碱基序列的互补序列；c)与seq id no.1至少70％同源性的核苷酸序列或其核苷酸序列的互补序列。6.一种如权利要求1-5中任一项所述的肿瘤标记物的应用，其特征在于，所述应用选自以下应用中的一种：所述肿瘤标记物在制备肿瘤的筛选试剂、预后试剂、检测试剂或诊断试剂中的应用；所述肿瘤标记物在作为肿瘤的药物靶点中的应用；所述肿瘤标记物在制备抑制肿瘤增生的药物中应用；检测所述肿瘤标记物cpg位点甲基化水平的试剂在制备检测肿瘤的试剂中的应用。7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述检测试剂为肿瘤标记物检测试剂盒，其包括特异性检测所述肿瘤标记物的引物或探针；和/或，所述抑制肿瘤增生的药物为所述肿瘤标记物的抑制剂。8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述引物或探针为特异性检测所述肿瘤标记物cpg位点甲基化的引物或探针；所述抑制剂为甲基化抑制剂。9.根据如权利要求6～8中任一项所述的应用，其特征在于，所述应用包括以下步骤：s1、获取待检测组织样本；s2、抽提待检测组织样本dna，获取样本的甲基化值；s3、计算出所述肿瘤标记物序列区域内的每个cpg位点的甲基化情况或整个区域的平均甲基化情况。10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤s2所述的获取样本的甲基化值的方法包括：测序、探针、抗体、质谱。

技术总结
本申请是申请号为CN202011608940.0的分案申请。本发明提供了一种位于3号染色体上的肿瘤标记物及其在检测肿瘤中的应用，所述肿瘤标记物位于人类基因组3号染色体上，且包括一个或多个可发生甲基化修饰的CpG位点，所述肿瘤标记物包括以人类基因组hg19作为参考版本位于chr3:147114032-147114108区域；本发明提供了一类DNA表观修饰相关的肿瘤标记物，标记物在肿瘤患者中表现出显著性的高甲基化状态。肿瘤标记物可用于肿瘤的临床辅助的筛查、诊断以及预后等，或可用于设计诊断试剂及试剂盒。或可用于设计诊断试剂及试剂盒。或可用于设计诊断试剂及试剂盒。


技术研发人员：董世华 李振艳
受保护的技术使用者：上海奕谱生物科技有限公司
技术研发日：2020.12.30
技术公布日：2023/7/19